Для структуры 4TMA был получен файл со структурными факторами
(текстовый файл, таблица Excel).
Общее число рефлексов не совпадает с числом измеренных рефлексов (reflns.number и reflns.pdbx_number_obs соответственно):
86703 против 67314 соответственно. Таким образом, для 19389 рефлексов структурные факторы не известны.
Таблица структурных факторов файла имеет следующий формат:
| crystal_id | wavelength_id | scale_group_code | index_h | index_k | index_l | Status | F_meas_au | F_meas_sigma_au | F_calc | phase_calc |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 1 | h | k | l | o/f/x | y | y | y | y |
Первые три числа обозначают идентификатор кристалла, длину волны рентгеновского излучения, использованного в эксперименте,
и scale_group_code – в данном случае, все три параметра инвариантны для всего набора структурных факторов.
Следующая тройка чисел – ”координаты” каждого рефлекса – параметры h, k, l.
Поле Status содержит описание рефлекса, то есть был ли он (не сам рефлекс, но соответствующий ему структурный фактор)
использован при оптимизации структуры (o - optimisation) или нет (f - free).
Если для рефлекса не удалось получить значения структурного фактора, то ставится флаг x.
Для данной структуры, из 67314 измеренных структурных факторов, 63915 были использованы для оптимизации модели (95%) и 3399 (5%) – для контроля (free).
Последующие поля представляют собой значения структурных факторов (измеренные и посчитанные по модели),
их стандартные отклонения и фазы (рассчитанные по модели).
Чтобы определить, какие структурные факторы точно пропущены (выпали из набора), нужно найти явно пропущенные тройки чисел (h,k, l).
Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l присутствует в файле.
Используя данный метод, можно найти, например, такие пропущенные структурные факторы, поскольку первоя гармоника файла имеет номер 0,0,14:
| h | k | l |
|---|---|---|
| 0 | 0 | 0 |
| 0 | 0 | 1 |
| 0 | 0 | 2 |
| 0 | 0 | 3 |
| 0 | 0 | 4 |
| 0 | 0 | 5 |
| 0 | 0 | 6 |
| 0 | 0 | 7 |
| 0 | 0 | 8 |
| 0 | 0 | 9 |