Суздаленко, практикум по Uniprot

Выравнивания

Практикум 11

Факультет Биоинженерии и Биоинформатики

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels

6-phosphogluconate dehydrogenase 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1718.0 70.0% 83.4% 0.6% 3

Allantoinase ALLB_ECOLI ALLB_BACSU 776.0 35.9% 54.9% 5.8% 8

High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB ZNUB_ECOLI ZNUB_BACSU 316.5 29.8% 49.6% 8.2% 6

**Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков**
Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
6-phosphogluconate dehydrogenase	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1718.0	70.0%	83.4%	0.6%	3
Allantoinase	ALLB_ECOLI	ALLB_BACSU	776.0	35.9%	54.9%	5.8%	8
High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB	ZNUB_ECOLI	ZNUB_BACSU	316.5	29.8%	49.6%	8.2%	6

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1, % Coverage 2, %

6-phosphogluconate dehydrogenase 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1719.0 70.1% 83.6% 0.6% 3 99,8 99,8

Allantoinase ALLB_ECOLI ALLB_BACSU 779.0 36.8% 56.8% 2.7% 6 95,8 96,4

High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB ZNUB_ECOLI ZNUB_BACSU 319.0 30.4% 51.5% 4.8% 3 99,6 96

**Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков**
Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1, %	Coverage 2, %
6-phosphogluconate dehydrogenase	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1719.0	70.1%	83.6%	0.6%	3	99,8	99,8
Allantoinase	ALLB_ECOLI	ALLB_BACSU	779.0	36.8%	56.8%	2.7%	6	95,8	96,4
High-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB	ZNUB_ECOLI	ZNUB_BACSU	319.0	30.4%	51.5%	4.8%	3	99,6	96

Таблица 3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Protein Name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1, % Coverage 2, %

Глобальное выравнивание 6PGD_ECOLI ALLB_BACSU 59.5 10.1% 15.1% 68.3% 16

Локальное выравнивание 6PGD_ECOLI ALLB_BACSU 76.5 24.1% 36.6% 23.7% 13 46,8 52,5

**Таблица 3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам**
Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1, %	Coverage 2, %
Глобальное выравнивание	6PGD_ECOLI	ALLB_BACSU	59.5	10.1%	15.1%	68.3%	16
Локальное выравнивание	6PGD_ECOLI	ALLB_BACSU	76.5	24.1%	36.6%	23.7%	13	46,8	52,5

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для этого задания был взят белок Esherichia coli Allantoinase. По мнемонике ALLB нашлось 44 аллантоиназы (45ая находка оказалась аллатостатином). Выравнивание проводили с аллантоиназами ALLB_STRAW, ALLB_BACSU, ALLB_ECOLI, ALLB_SALTI, ALLB_DEIGD, ALLB_SOLUE и ALLB_RUBXD. Выравнивание проводилось через программу muscle. Консервативные участки расположены примерно равномерно по всем белкам наибольшими группами по 3-4 аминокислоты: 70-72, 75-77, 96-99, 149-151, 219-221, 320-323, 338-341, 391-393 по аминокислотным позициям. Наименее консервативны концы белков.

Ссылка на файл с Jalview