Мой код доступа проекта по секвенированию бактерии Buchnera aphidicola был SRR4240379. Сначала удалим возможные остатки адаптеров
java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE SRR4240379.fastq.gz trimmed.fastq.gz -trimlog trim.log ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7
1.76% процентов последовательностей чтений оказалось остатками адаптеров. Удалим с правых концов чтений нуклеотиды с качеством ниже 20, оставим только чтения длиной не меньше 32 нуклеотидов
java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE trimmed.fastq.gz trimmed2.fastq.gz -trimlog trim2.log TRAILING:20 MINLEN:32
4.07% чтений было удалено, размеры файлов до и после очистки 168259 и 159171 KB соответственно. velveth подготавливает k-меры (k=31) на основе исходного файла и создает папку с данными f1.
velveth f1 31 -short -fastq.gz trimmed2.fastq.gz
На f1 запускаем velvetg и осуществляем сборку на основе k-меров.
velvetg f1 &> velvet.log
N50 25646, длины трёх самых длинных контигов 49942, 49292, 33115 и их покрытия 35.907237, 34.772177, 36.259030 соответственно. Есть контиги с аномально низким покрытием длиной 31, например,узлы 312 и 353, содержащие в себе однонуклеотидные повторы.
| Координаты участка хромосомы | Число однонуклеотидных различий | Число гэпов |
|---|---|---|
| 127825-140555 | 2715 | 552/13012(4%) |
| 153752-161738 | 1552 | 270/8171(3%) |
| 144368-151796 | 1426 | 247/7538(3%) |
| 161898-166752 | 898 | 104/4910(2%) |
| 166750-173180 | 1399 | 153/6514(2%) |
| Координаты участка хромосомы | Число однонуклеотидных различий | Число гэпов |
|---|---|---|
| 500370-508806 | 1750 | 351/8617(4%) |
| 510438-516539 | 1150 | 187/6234(2%) |
| 523105-528679 | 1109 | 207/5685(3%) |
| 481997-488106 | 1309 | 308/6238(4%) |
| 517766-521500 | 760 | 101/3783(2%) |
| 496111-500325 | 915 | 154/4324(3%) |
| 493487-494864 | 262 | 13/1384(0.9%) |
| 480874-481545 | 102 | 20/686(2%) |
| 528794-529211 | 42 | 26/425(6%) |
| 495033-495148 | 7 | 5/120(4%) |
| Координаты участка хромосомы | Число однонуклеотидных различий | Число гэпов |
|---|---|---|
| 467412-474667 | 1489 | 208/7388(2%) |
| 462496-467421 | 992 | 162/5015(3%) |
| 474844-480660 | 1288 | 255/5974(4%) |
| 451729-454069 | 488 | 55/2370(2%) |