Суздаленко, семестр 3

Практикум 3

**Таблица для задания 1.**
	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-901-907-3' 5'-966-972-3' Всего 7 пар		5'-901-908-3' 5'-965-972-3' Всего 8 пар
D-стебель	5'-910-914-3' 5'-921-925-3' Всего 5 пар
T-стебель	5'-949-954-3' 5'-958-965-3' Всего 6 пар	5'-948-952-3' 5'-960-964-3' Всего 5 пар	5'-950-953-3' 5'-961-964-3' Всего 4 пары
Антикодоновый стебель	5'-926-932-3' 5'-938-944-3' Всего 7 пар		5'-917-932-3' 5'-938-949-3' Всего 11 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	25	5	23

**Таблица для задания 2.**
Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	0	1
остатками фосфорной кислоты	119	0	119
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	0	0
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Вероятно, CENP-C связывается с ДНК только полярно по фосфатам последней

Выше представлена популярная схема ДНК-белковых контактов (с белком CENP-C)

Аргинин (помечен фиолетовым) и ДНК в месте контакта (зелёным)

И у треонина, и у аргинина по одному контакту с ДНК. Должно быть, наиболее важный для распознавания ДНК это аргинин, поскольку он заряжен положительно в клетке и обеспечит ещё и ионное взаимодействие.