Суздаленко, семестр 3

Практикум 7

Задание 1

Rhododendron mucronatum- вечнозелёный кустарник из семейства Вересковые. Произрастает во многих садах и парках Китая в качестве декоративного растения. Способен выдерживать температуру до -18-21 градуса Цельсия.

Ссылка на источник фото
Число сборок генома1
Assembly nameRRI_r1.1
AC сборки из GenBankGCA_019656295.1
Assembly levelContig
Общая длина последовательности506,708,990
Число контигов319
Число скэффолдов319
N50 для контигов2,455,795
L50 для контигов60
ссылка на публикацию с описанием проекта ссылка на последовательность одного из контигов

Задание 2

По запросу (60000:70000[Sequence Length]) AND Podoviridae[Organism] найдено 231 находок в Genbank и 39 в Refseq.

Был взят геном Escherichia phage SH2026Stx1

AC нуклеотидной записиNC_049919.1
Латинское название видаEscherichia virus SH2026Stx1
TaxID вида2108115
Тип геномалинейная ДНК
Хозяин вирусаEcherichia coli
ссылка на файл с участками генома, предположительно кодирующими белки

Задание 3

Локус генома, содержащий мобильный элемент
Feature keyОписаниеACФрагмент записи
mobile_elementMN915013.1 
mobile_element  complement(1..820)
/mobile_element_type="insertion sequence:IS26"
mat_peptideЛокус с последовательностью зрелого пептида или белкаX01787.1 
mat_peptide     join(65..98,X01788.1:7..108,
X01790.1:18..92, X01792.1:11..789)
     /gene="Hpr"
     /product="haptoglobin"
CDSБелок-кодирующий локусMN915013.1 
CDS             complement(53..757)
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="Mobile element protein"
/protein_id="QIQ18148.1"
/db_xref="SEED:fig|6666666.450460.peg.17"
tRNAЛокус, кодирующий тРНКBPQD01000016.1 
tRNA            complement(19341..19417)
        /locus_tag="PMNALOAF_2685"
        /product="tRNA-Pro"
repeat_regionЛокус генома, содержащий повторяющиеся элементыAE017321.1 
 repeat_region   complement(6403..6709)
/note="URR_1 (unclassified repeat region)"