Практикум 7
Задание b.1
В качестве задания я выбрала найти мотив сайта посадки рибосомы у бактерии Caldicellulosiruptor owensensis OL. Бактериальный мотив сайта посадки рибосом это последовательность Шайно-Дальгарно. Он находится перед ATG кодонами генов большинства белков на расстоянии 6-8 нуклеотидов. Его консенсус - AGGAGG на мРНК. На 3'-конце 16S рРНК находится комплементарная сайту посадки рибосомы последовательность анти-Шайно-Дальгарно, взаимодействием с которой обеспечивается помещение старт-кодона мРНК в Р-сайт рибосомы для инициации синтеза полипептида.
Для поиска сайта посадки рибосом были выбраны в Genbank гены с прямой цепи ДНК Caldicellulosiruptor owensensis, имеющие длину более 300 нуклеотидов, для которых в поле product значение не hypothetical protein. Воспользовавшись предоставленным в указании скриптом features2CDSs.py, был полученфайл с координатами генов и названиями продуктов трансляции. С помощью другогоскриптабыл созданвходной файлдля MEME, в котором содержатся 498 последовательностей генов с upstream-участками длиной 39 нуклеотидов + ATG. Ещё в файл была добавлена последовательность 16S рРНК, поскольку она должна иметь участок, обратнокомплементарный последовательности Шайно-Дальгарно. В веб-версии MEME я изменила некоторые параметры: ширина мотива должна быть в диапазоне 6-10 нуклеотидов, а поиск мотива осуществляется только на прямой цепи. Таким образом мы получили следующий консенсус с E-value 3.6е-065:
Задание b.2
Далее в программе FIMO (с порогом p < 0.0001) был произведен поиск мотивов по базе данных для всего генома Caldicellulosiruptor owensensis с результатом программы MEME. В результате работы программы получаем таблицу, фрагмент которой представлен на скриншоте. Она содержит найденные мотивы с указанием их координат и цепи, на которой они расположены. Найдено 511 мотивов.
Так как полученный мотив почти соответствует AGGAGG и содержится в трети случаев до ATG, вероятно нам удалось найти сайт посадки рибосомы AAGGAGR.