Альфа спираль 1. Бета-тяжи 12 и 13.

Изображения остовой струтуры всего белка с наложенными на него изображениями спирали 1 (слева) и бета-тяжей 12 и 13(справа).

Список остатков, контактирующих с лигандом.

Паттерн водородных связей между атомами элементов вторичной структуры.

Контакт спирали с остальной частью молекулы.

Водородная связь в альфа-спирали между:
HIS14:A.O – ILE18:A.N
PRO15:A.O – ALA19:A.N
ASP16:A.O – ASP20:A.N
LYS17:A.O – GLN21:A.N
ILE18:A.O – ILI22:A.N
LA19:A.O – SER23:A.N
ASP20:A.O – ASP24:A.N
GLN21:A.O – ALA25:A.N
LE22:A.O – VAL26:A.N
SER23:A.O – LEU27;A.N
ASP24:A.O – ASP28:A.N
ALA25:A.O – ALA29:A.N
VAL26:A.O – ILE30:A.N
LEU27:A.O – LEU31:A.N
ASP28:A.O – GLU32:A.N
ALA29:A.O – GLN33:A.N

Водородные связи встречаются между атомами разных витков одной и той же спирали. При этом разница между номерами молекул, чьи атомы образуют по одной водородной связи, составляет 4. В случае образования двух связей эта разница сокращается до 3х. Также нельзя не заметить, что номера таких молекул идут в порядке возрастания с шагом, равным 1. А это означает, что если наша спираль имеет m молекул в своей структуре, то молекулы, чьи номера принадлежат отрезку [k;m-4], где к – некоторый номер, будут содержать в своем составе кислород, а [к+4,m] – соответственно, азот.

Контакты альфа-спирали 14-34 с остальной частью цепи А белка из данным записи PDB 1RG9.

На изображении в шаровидной модели представлены атомы белка, удаленные от атомов спирали 1 не более, чем на 5.4 А, но не входящие в данную спираль. Исходя из полученной картинки, делаем вывод, что контакты спирали с остальной частью молекулы неравномерно распределены в пространстве.

Таблица. Контакты альфа-спирали 14-34 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1RG9.

Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в А	Предположительная природа контакта
ILE22A.CD	VAL50A.CG	3.618	гидрофобное взаимодействие
LEU27A.CD	TYR351A.CD	3.4	гидрофобное взаимодействие
LYS17A.NZ	ALA355A.O	2.674	Водородные связи
SER23A.OG	THR43A.N	3.320	Водородные связи