В процессе множественного выравнивания программа muscle (в сравнение с emma) создает большее количество консервативных колонок (начиная с 420 аминокислотного остатка и до конца выравнивания). В основной части выравнивания совпадают, однако, наблюдается незначительное смещение в выравниваниях на 2 остатка. Таким образом, делаем вывод, что muscle создает более эффективное выранивание.

Оптимальное попарное выравнивание программы needle отличается большим количеством консервативных колонок, что хорошо прослеживается на участках с 110 по 140 аминокислотных остатков, с 165 по 180 и с 240 по 260. Это позволяет нам сделать вывод, что выравнивание, полученное needle, более эффективное.