Паттерны и профили.

Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Паттерны

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	IVGIDAVVLSTQH	46	найдена только одна
Сильный	[PIVA]-[VKQ]-[RGF]-[VI]-[DH]-[TA]-[IV]-[VL]-[IL]-STQH	174	все
Слабый	x{GP}-x-[VI]-[DH]-[TA]-[IV]-[VL]-[IL]-ST	291	все

При создании "слабого" паттерна убрала [PIVA] с одного конца и QH - с другого. Вместо [VKQ] ипользовала x{GP}: G и P не обладают ни гидрофобностью, ни полярностью, ни положительным зарядом. Так как RGF не связаны ни одним из свойств аминокислот(R полярна, F гидрофобна, а G не обладает ни одним из этих свойств), то заменила [RGF] на x.

Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке METK_ECOLI

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00376	ADOMET_SYNTHETASE_1	S-аденозилметионин синтетаза подпись 1	паттерн	`[GN] - [AS] - G - D - Q - G - x(3) - G - [FYHG]`	специфична	1
PS00377	ADOMET_SYNTHETASE_2	S-аденозилметионин синтетаза подпись 2	паттерн	G - [GA] - G - [ASC] - [FY] - S - x - K - [DE]/td>	специфична	1
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназой II	паттерн	[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site]	неспецифична	5
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} [G is the N - myristoylation site]	неспецифична	6
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназы	паттерн	[ST] - x - [RK]	неспецифична	6
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	паттерн	N - {P} - [ST] - {P}	неспецифична	2
PS00009	AMIDATIO	Сайт амидитирования	паттерн	x - G - [RK] - [RK]	неспецифична	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозинкиназы	паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y>	неспецифична	1

Построение PSSM и определение веса последовательности по полученной матрице

Построила PSSM с помощью программы prophecy пакета EMBOSS на сервере kodomo-count, которая создает матрицу по заданному множественному выравниванию.
На вход подала файл с выравниванием фрагмента part2.txt, созданный при выполнении упр.1.
Проверила, что по умолчанию выбран тип профиля 'F' (Frequency), а не G (Gribscov) или H (Henikoff). В связи с выбранным режимом был использован EMBLOSUM62 (штраф за открытие гэпа 3.0, за продление - 0.3), который так же соответсвует и режиму H. В случае G мы имели бы дело с Epprofile.
Запустила программу profit пакета EMBOSS на сервере kodomo-count, которая используя матрицу, определяет вес последовательности. В качестве профиля на вход подала файл part2.prophecy, полученный с помощью prophecy, а в качестве последовательностей - part2.txt.
Порядок работы порграммы profit следующий: 1) для каждой в отдельности последовательности в списке поиска происходит высчитывание веса выравнивания на основе программы prophecy, 2) идет процедура сопоставления полученного значения с пороговым процентом от максимально возможного счета для данной матрицы (задавалось командой threshold reporting percentage), 3) в случае, когда вес оказывается выше порогового, программа выдает соответствующее сообщение.
Я же в результате действия программы profit получила выходной файл part2.profit