На главную
Третий семестр
Продолжение работы с программами пакета BLAST
При помощи команды entret embel:D89965 -auto был создан файл с записью D89965 банка EMBL.
Для получения набора трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода, выполнена следующая команда: getorf -table 11 -minsize 30 -find 1 -sequence d89965.entret. В качестве выходного файла получен d89965.orf
Из найденных открытых рамок 5ая соответствуют приведённой в записи CDS, 13ая - в Swiss-Prot.
©Третьякова Светлана, 2008