Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

http://www.geneontology.org

заданное описание локализации - митохондриальная мембрана;
выбранный термин GO и его идентификатор - mitochondrial membrane, GO:0031966;
название онтологии GO - cellular component (клеточный компонент);
определение термина - один из двух липидных слоев, окружающий митохондрию и формирующий митохондриальную оболочку.

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека GPX1_HUMAN. В поле DR были найдены и проанализированы строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным составлена таблица:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	С	2	цитозоль, митохондрия
Зачем, для чего?	Р	11	анти-апоптоз, глутатионный метаболический процесс, сердечное скоращение, перикись водородный катаболитический процесс, негативная регуляция каспазной активности, окислительное восстановление, регуляция генной экспрессии, регуляция эпителиальных клеток молочных желез, освобождение гистогематина с митохондрий, ответ на селеновый ион, UV-защита
Молекулярный механизм?	F	2	глутатионная пероксидазная активность, протеазная ингибиторская активность
Специфичность?	F	3	глутатионное связывание, селеновое связывание, SH3 доменное связывание

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом <Bos taurus>. Результаты поиска в UniProt, 30.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	5600	(([swissprot-Species:Bos] & [swissprot-Species:taurus]) \| [swissprot-Species:Bos taurus*])
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	2498	((([swissprot-Species:Bos] & [swissprot-Species:taurus]) \| [swissprot-Species:Bos taurus]) & (((([swissprot-DBxref:GO:] & [swissprot-DBxref:P:]) & [swissprot-DBxref:F:]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе митохондриальной мембране	13	(((([swissprot-Species:Bos] & [swissprot-Species:taurus]) \| [swissprot-Species:Bos taurus]) & ([swissprot-DBxref:GO:0031966] > parent )) & (((([swissprot-DBxref:GO] & [swissprot-DBxref:F:]) & [swissprot-DBxref:C:]) & [swissprot-DBxref:P:]) > parent ))
В том числе те, у которых встречается *хотя бы один раз* самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	2	((((([swissprot-Species:Bos] & [swissprot-Species:taurus]) \| [swissprot-Species:Bos taurus]) & ([swissprot-DBxref:GO:0031966] > parent )) & (((([swissprot-DBxref:GO] & [swissprot-DBxref:F:]) & [swissprot-DBxref:C:]) & [swissprot-DBxref:P:]) > parent )) & (((([swissprot-DBxref:GO] & [swissprot-DBxref:EXP]) \| ([swissprot-DBxref:GO] & [swissprot-DBxref:IDA])) \| ([swissprot-DBxref:GO] & [swissprot-DBxref:TAS])) > parent ))
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	Просмотрены 2 выдачи вручную

Исходя из полученных данных, можно заключить, что среди записей с идентификаторами всех трёх онтологий GO лишь 5% белков локализованы в митохондриальной мембране. Вместе с тем, записей с хотя бы одним самым хорошим доказательством функции всего две, ни одна из которых не имеет только самые хорошие доказательства функции (коды только EXP, IDA или TAS) .