| Описание генома бактерии Chloroflexus aurantiacus штамм J-10-fl » |
Описание генома Bear Canyon virus
Bear Canyon virus относится к классу ssRNA negative-strand viruses. Носителем генетической информации является одноцепочечная РНК негативной полярности, то есть, транслируется РНК комплементарная исходной. Несмотря на то, что вирус принадлежит данному классу, он является амбивалентным, что говорит о том, что его РНК является частично позитивной и частично негативной полярности, а следовательно на некоторых участках возможна прямая трансляция. [1].
Этот вирус был выделен из калифорнийской мыши (Peromyscus californicus), пойманной в районе Bear Canyon Trailhead, в честь которого и получил своё название. Считается, что хозяином Bear Canyon virus является Peromyscus californicus, но в то же время не исключено, что вирус изначально мог передаться от других грызунов [2].
Геном данного вируса состоит из двух молекул РНК: сегмент L и сегмент S. Первый содержится в записи NC_010255.1 банка RefSeq, второй – в записи NC_010256.1. Длина сегмента L – 7102 нуклеотидов, сегмента S – 3339 нуклеотидов; всего 10441 нуклеотид. В геноме закодировано 4 гена, в каждом сегменте по 2. Данные об этих генах приведены в Таблице 1.
| № | Сегмент | Начало | Конец | Ориентация | Длина | Продукт |
| 1 | L | 61 | 348 | +1 | 288 | Z protein |
| 2 | L | 422 | 7072 | -1 | 6651 | RNA-dependent RNA polymerase |
| 3 | S | 57 | 1508 | +1 | 1452 | glycoprotein precursor |
| 4 | S | 1591 | 3279 | -1 | nucleocapsid protein | 288 |
Длина всех генов делится на 3. Гены не пересекаются. На Рисунке 1 представлено графическое изображение сегмента L вируса Bear Canyon; 5’-концевая часть гена Z-белка изображена на Рисунке 2.
Рисунок 1. Расположение генов в сегменте L вируса Bear Canyon (идентификатор записи Refseq NC_010255.1).
Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Рисунок 2. 5’-концевой фрагмент гена Z-белка из сегмента L вируса Bear Canyon (идентификатор Refseq NC_010255.1).
Ген расположен на комплементарной цепи. Старт-кодон – ATG; ему соответствует аминокислотный остаток метионина (M).
Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Источники:
[1] Expression strategies of ambisense viruses Marie Nguyen, Anne-Lise Haenni Institut Jacques Monod, 2 Place Jussieu-Tour 43, 75251 Paris, Cedex 05, France
[2] Fulhorst CF, Bennett SG, Milazzo ML, Murray Jr. HL, Webb JP, Cajimat MNB, et al. Bear Canyon Virus: An Arenavirus Naturally Associated with the California Mouse (Peromyscus californicus). Emerg Infect Dis. [serial on the Internet]. 2002 Jul [date cited]. Available from
http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/8/7/01-0281.htm