Uniprot
Код доступа в банк Uniprot
Изначально белок дегидратаза был выдан мне с идентификатором YP_001633816.1 в базе данных Refseq. На сайте Uniprot существует сервис Id Mapping, с помощью которого был получен идентификатор уже в базе данных Uniprot AC — A9WC34.
Поиск ортологов белка и их характеристика
Для поиска ортологов белка дегидратазы на сайте Uniprot был введён следующий запрос:
taxonomy:"Chloroflexus [1107]" AND name:dehydratase AND name:"MaoC domain"
Результат поиска представлен на Рисунке 1. В итоге были выбраны два белка с идентификаторами B9LGN6 и B8G8H1. Информацию о самом белке и ортолагах приведена в таблице Excel.
Рисунок 1. Белки-ортологи дегидратазы.
Выбранные в качестве ортологов белки, помечены галочкой.
Скриншот сделан с сайта Uniprot.
Вопросы
Ниже приведены мои ответы на несколько вопросов по функции и строению данного белка.
В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? Функция белка:
Основываясь на данный сайт белок находится в цитоплазме и обладает оксидоредуктазной активностью. Это означает, что данный белок катализирует обратимую окислительно-восстановительную реакцию. Также дегидратаза участвует в метаболизме бактерии в 3-гидроксипропионат цикле (3-hydroxypropionate cycle)[1].
Мутация по какому аминокислотному остатку нарушит связывание белка с каким-либо субстратом?
У данного белка есть регион интереса (115-118) — сульфат-связывающий сайт. Он состоит из четырёх аминокислотных остатков: аргинина, глутамина, аспарагина и лизина. Если убрать аргинин и лизин, которые заряжены положительно, и заменить их на нейтральные или даже гидрофобные аминокислоты, такие как лейцин и глутамин, то вероятнее всего связывание с сульфатом происходить больше не будет. Также вместо нейтральных глутамина и аспарагина можно поставить отрицательно заряженные глутаминовую и аспарагиновую кислоты.
Какие аминокислотные остатки участвуют в образовании активного центра?
Активный центр, как раз и относится к участку интереса. В нём выделяются три основных аминокислоты — аргинин (№116), аспарагин (№118), лизин (№119).
[1] Complete genome sequence of the filamentous
anoxygenic phototrophic bacterium Chloroflexus
aurantiacus
Kuo-Hsiang Tang, Kerrie Barry, [...] and Robert E Blankenship