Филогенетические деревья

Отобранные бактерии

Из предложенного списка бактерий отдела Firmicutes было выбрано 8 бактерий. Их список можно увидеть в таблице 1.

Таблица 1. Отобранные бактерии.

Название	Мнемоника
Bacillus anthracis	BACAN
Bacillus subtilis	BACSU
Finegoldia magna	FINM2
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Lactococcus lactis	LACLM
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus aureus	STAA1
Streptococcus pyogenes	STRP1

Cкобочная формула дерева

Основываясь на дереве исходного списка бактерий, было предложено построить аналогичное для выбранных. Ниже приведена скобочная формула дерева (в формате Newick). Скачать файл в формате .tre с аналогичным содержанием можно загрузить по ссылке.

(((((BACAN,BACSU),LISMO),STAA1),(LACAC,(LACLM,STRP1))),FINM2);

Изображение дерева

С помощью программы MEGA6 дерево было визуализировано. Оно представлено на Рисунке 1.

Рисунок 1. Графическое изображение дерева.
Рисунок получен с помощью программы Mega6.

Ветви дерева

Полученное дерево содержит пять нетривиальных ветвей (т.е. таких ветвей, что разбивают дерево на подмножества листьев, которые содержат более одного элемента):

{BACAN,BACSU} против {LISMO,STAA1,LACAC,LACLM,STRP1,FINM2}
{LISMO,BACSU,BACAN} против {STAA1,LACAC,LACLM,STRP1,FINM2}
{BACAN,BACSU,LISMO,STAA1} против {LACAC,LACLM,STRP1,FINM2}
{LACLM,STRP1} против {LACAC,FINM2,BACAN,BACSU,LISMO,STAA1}
{LACAC,LACLM,STRP1} против {FINM2,BACAN,BACSU,LISMO,STAA1}

Таксономия

С помощью таксономического сервиса NCBI была определена таксономия для каждой выбранной бактерии. Данные занесены в таблицу 2.

Таблица 2. Таксономия выбранных бактерий.

Название	Мнемоника	Таксономия
Bacillus anthracis	BACAN	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Bacillus subtilis	BACSU	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Finegoldia magna	FINM2	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Peptoniphilaceae; Finegoldia
Lactobacillus acidophilus	LACAC	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Lactococcus lactis	LACLM	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Listeria monocytogenes	LISMO	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus aureus	STAA1	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenes	STRP1	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Соответсвие некоторых нетривиальных ветвей и таксонов бактерий представлено ниже:

{BACAN,BACSU} — род Bacillus;
{BACAN,BACSU,LISMO,STAA1} — порядок Bacillales;
{LACLM,STRP1} — семейство Streptococcaceae;
{LACAC,LACLM,STRP1} — порядок Lactobacillales.

Наверх