Построение поверхности
Для работы был выбран пуриновый репрессор 1JH9. На рис. 1 представлено изображение димера белка в комплексе с ДНК. Димер восстановлен с помощью команды symexp в PyMOL.
Рисунок 1. Комплекс димера пуринового репрессора 1JH9 с ДНК
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.
Раскраска участка поверхности
Для данного пуринового рецептора был сделан ряд изображений поверхностей.
Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером представлена на рис. 2.
Последовательность команд:
create part1, 1jh9 and !(chain B)
create part2, 1jh9_2 and !(chain B)
create dna1, 1jh9 and !(chain A)
create dna2, 1jh9_2 and !(chain A)
create surf, part1
select cont, part1 w. 3.5 of part2
show surface, cont
Рисунок 2. Поверхность контакта двух мономеров 1JH9.
Поверхность выделена фиолетовым цветом. Димер белка окрашен в серый цвет.
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.
На рис. 3 показана поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК. Использовалась следующая последовательность команд:
create parts, part1 or par2
create dna, dna1 or dna2
select cont2, parts w. 3.5 of dna
show surface, cont2
Рисунок 3. Поверхность контакта димера 1JH9 с двойной спиралью ДНК.
Поверхность выделена фиолетовым цветом. Димер белка окрашен в серый цвет.
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.
Поверхность контакта ДНК с димером белка 1JH9 изображена на рис. 4. Для получения поверхности использовались команды:
select cont3, dna w. 3.5 of parts
show surface, cont3
Рисунок 4. Поверхность контакта ДНК с димером белка 1JH9.
Поверхность выделена фиолетовым цветом. Димер белка окрашен в серый цвет.
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.
Гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка
Для изучения гидрофобных кластеров между мономерами был создан отдельный pdb-файл, содержащий две цепи белка. Файл был подан на вход сервису CluD с порогом на расстояние 5 Å. Для графической интерпретации текстовой выдачи сервиса был использован скрипт, выдающий команды для PyMOL. В итоге было обнаружено 5 кластеров, содержащих более 10 атомов (рис. 5).
Рисунок 5. Гидрофобные кластеры между мономерами 1JH9.
Найденные кластеры представлены в виде шариков разных цветов.
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.
Участки поверхности контакта двух мономеров, совпадающие с гидрофобными кластерами выделены бордовым на рис. 6.
Рисунок 6. Поверхность контакта двух мономеров 1JH9.
Поверхность выделена фиолетовым цветом. Участки, совпадающие с гидрофобными кластерами раскрашены в бордовый.
Рисунок получен с помощью программы PyMOL.