Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Для белка люциферазы (PDB: 1LCI) изучалась доменная организация с помощью SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam. Результаты поиска: ECOD, CATH, SCOPe, Pfam.
В таблице 1 представлены найденные домены. Примечательно, что ECOD и CATH дали примерно одинаковые результаты. В обоих случаях был выделена Россмановская укладка, причём двух типов (отражено наличием запятой в границе доменов), а также 2 других домена, которые, несмотря на различные названия, обладают одинаковой архитектурой и координатами. SCOPe выделил только один домен, причём он включал в себя всю последовательность белка (поэтому в таблице стоит прочерк). Pfam ограничился двумя АМФ-связывающими доменами.
| Классификация | ECOD | ||
| Название домена | Rossmann-like domain in Acetyl-CoA synthetase-like proteins |
beta-barrel domain in acetyl-CoA synthetase-like proteins | a+b domain in acetyl-CoA synthetase-like proteins |
| Границы домена | 4-182,183-355 | 359-435 | 441-544 |
| Классификация | CATH | ||
| Название домена | Rossmann fold | Luciferase; Domain 3 | GMP Synthetase; Chain A, domain 3 |
| Границы домена | 56-213, 214-355 | 359-435 | 441-544 |
| Классификация | SCOPe | Pfam | |
| Название домена | Luciferase (Acetyl-CoA synthetase-like) | AMP-binding | AMP-binding_C |
| Граница домена | — | 29-445 | 453-529 |