Использование сервисов PDB
Advanced search
С помощью возможностей Advanced Search на PDB был осуществлён поиск PDB-файлов, удовлетворяющих следующим критериям:
- Метод получения: Электронная микроскопия
- Белок является филаментом
- В струтуре есть лиганд
- Белки имеют сходство не выше 50% идентичных остатков
Полученный запрос представен ниже:
Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY and EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT and Ligand Search : Has free ligands=yes and Representative Structures at 50% Sequence Identity
В результате было найдено 10 структур, удовлетворяющих всем критериям: 1N03, 2HIL, 2W6D, 3J4S, 3J5V, 3JAW, 3JBJ, 4AB3, 4BT0, 5AEY. Сводную таблицу EXCEL с информацией по каждой структуре можно скачать отсюда. PDB-файлы найденных белков доступны здесь. Также были получены последовательности всех структур, разрешённых с помощью электронной микроскопии. Всего было найдено 155 структур. Скачать fasta-файл можно отсюда.