Определение вторичной структуры
Для работы рассматривалась структура глутаредоксина 1 (PDB id: 4HJM). Данный белок состоит из 6 спиралей и содержит β-лист из 4 тяжей. Для предсказания вторичной структуры белка использовался веб-интерфейс Stride. На рис. 1 представлено графическое представление результата работы сервиса. Текстовую выдачу Stride можно скачать отсюда.
Рисунок 1. Вторичная структура белка 4HJM.
Красным цветом обозначены α-спирали, зелёным — β-листы, жёлтым — нерегулярные участки, а синим — 310-спирали.
Рисунок получен с помощью сервиса Stride.
В результате было определено 5 α-спирали, 1 310-спираль и 4 β-тяжа. В таблице приведено сравнение границ четырёх вторичных структур по данным из PDB-файла и результатам Stride. Заметное отличие было в границах 310-спирали (в PDB тип спирали не уточняется). Для α-спиралей границы отличались на один остаток. Положение β-тяжей совпадает с записанным в PDB-файл.
| Вторичная структура | Границы по PDB | Границы по Stride |
| спираль (310) | 43-46 | 45-47 |
| α-спираль | 87-97 | 88-97 |
| β-тяж | 21-25 | 21-25 |
| β-тяж | 77-80 | 77-80 |