Совмещение структур
Структурные гомологи 4HJM
Для белка 4HJM, состоящего из одной цепи А, с помощью сервиса PDBeFold было найдено 4 структурных гомолога: 2JAC:A, 2MYG:A, 2RHC:B, 3H8Q:B. Их пространственное совмещение представлено на рис. 1.
Также было получено структурное выравнивание, которое можно скачать отсюда. На его снове было построено аналогичное совмещение в PyMOL (рис. 2) с помощью команды align.
Рисунок 1. Структурное выравнивание гомологов 4HJM.
Зелёным обозначен остов 4HJM, голубым — 2JAC, малиновым — 2MYG, синим — 3RHC, жёлтым — 3H8Q.
Рисунок получен с помощью сервиса PDBeFold.
Рисунок 2. Пространственное совмещение структурных гомологов 4HJM
Зелёным обозначена структура 4HJM, голубым — 2JAC, малиновым — 2MYG, синим — 3RHC, жёлтым — 3H8Q.
Рисунок получен с помощью PyMOL.
В программе Jalview с помощью сервиса MUSCLE с опциями по умолчанию было построено выравнивание последовательностей структурных гомологов. Визуализация структурного выравнивания и выравнивания последовательностей представлена на рис. 3.
Рисунок 3. Сравнение структурного (верхнее) выравнивания и выравнивания последовательностей (нижнее).
Верхнее выравнивание получено с помощью PDBeFound, нижнее выравнивание — программы muscle, изображение — программы JalView. В верхнем выравнивании выровненные участки обозначены большими буквами. Окрашивание Clustalx, Conservation 50%.
В целом видно, что выравнивания очень схожи (основные блоки совпадают). Но в выравнивании последовательностей, например, присутствут колонка 10, которая структурно не выравнивается. Несмотря на сходство аминокислот, в пространстве они располагаются совершенно иначе.
Гибкое выравнивание
Со страницы примеров сайта POSA было выбрано два белка, содержащих домен RRM: 1yty (цепь А) и 2kxf (цепь А). Для них было построено "жёсткое" выравнивание и гибкое (2 twists) с помощью сервиса FATCAT. Полученные структурные выравнивание (совмещение структур) представлены на рис. 4.
Рисунок 4. Структурное выравнивание 1yty:A и 2kxf:A: жёсткое (слева) и гибкое (справа).
Серым цветом обозначен белок 1yty, другими — 2kxf (цвет меняется при наличие twist'a)
Видно, что гибкое выравнивание даёт большее сходство особенно для домена RRM (жёлтый цвет). Жёсткое же не показывает этого. Также RMSD для гибкого выравнивания гораздо лучше, чем для жёсткого: RMSDгибкое=3.11, RMSDжёсткое=9.72.