script 1r30.def
background white
select protein
backbone 10
wireframe off
select *a
Color blue
select *b
color greenblue
color labels black
set fontsize 10
set fontstroke 1
select Glu79:a.ca
label BIOB_Ecoli, Chain A
select Ala122:b.ca
label BIOB_Ecoli, Chain B
select SAM
color purple
wireframe 50
select sam501:a.ce
label S-Adenosylmethionine
select sam501:b.ce
label S-Adenosylmethionine
select DTB
color yellow
wireframe 50
select dtb502:a.ca
label D-Dethiobiothin
select dtb502:b.ca
label D-Dethiobiothin
select TMN
color cpk
wireframe 50
select tmn503.n
label Tris(hydroxymethyl)aminomethane
select fes
color cpk
spacefill
select fes402:a.fe2
label Fe2/S2 cluster
select fes402:b.fe2
label Fe2/S2 cluster
select [fs4]
color cpk
spacefill
select [fs4]401:a.s2
label Iron/Sulfur cluster
select [fs4]401:b.s2
label Iron/Sulfur cluster
pause
restrict none
background white
restrict *a
backbone 5
center selected
select sam and *a or dtb and *a
color cpk
wireframe 60
zoom 200
select cont_BioB_SAM
wireframe 30
color cpk
select cont_atoms_O or cont_atoms_N
color cpk
cpk 200
pause
select protein
backbone off
bond 4961 2238+
bond 4960 2231+
bond 1176 4882+
bond 1699 4948+
bond 1345 4873+
bond 450 4891+
bond 1719 4891+
bond 763 4869+
bond 2236 4960+
select hphob_cont
color pinktint
select cont_atoms_O or cont_atoms_N
color cpk
cpk 200
echo H-bonds between protein and molecules are shown!
echo Hydrophobic residues which contact with M are pink!
Скрипт последовательно генерирует 3 изображения. Первое изображение показывает общий вид белка с подписями RasMol'а. Второе — область контакта лиганда (SAM и DTB) с молекулой белка. Третяя часть скрипта показывает водородные связи между лигандом и молекулой белка, причем в этой части скрипта от белка остаются выделеными только взаимодействующие аминокислоты.
Основной целью создания данного скрипта было изучение области контакта белка и лиганда. Скрипт — вспомогательный инструмент для генно-инженерного эксперимента!