Это второй, третий и четвертый аминокислотные остатки из белка BIOB_Ecoli, красным выделен остов пептида.
Кстати, в PDB-файле первые три аминокислотные остатка отсутствуют!!! Это может быть связано с разными причинами. Наиболее вероятно, что это связано с тем, что эти остатки находятся на поверхности белка в подвижном участке. При рентгеноструктурном анализе они не были обнаружены.