На страницу II-ого семестра
Первая последовательность - первые 60 аминокислотных остатков моего белка (BIOB_Ecoli), вторая - получена искусственно и была взята из задания. Выравнивал так, чтобы совпадения в этих двух последовательностях были максимальны.
Результат выравнивания находится в файле first_aln.txt
К выравниванию полученному в предыидущем пункте добавил третью строчку, в которой ставил "*" если а.о. в двух строках совпадали; ставил "-" если одна из последовательностей содержала гэп; и ставил "." если а.о. были разными. После этого расчитал вес выравнивания по формуле:
W = M - X - G,где M - число позиций выравнивания, в которых обе буквы одинаковы (количество *); X - число позиций выравнивания, в которых буквы разные (количество .), G - число гэпов (количество -).
(*) Можно ли увеличить вес выравнивания? Чтобы увеличит вес выравнивания надо уменьшить, либо число гэпов, либо число позиций, в которых буквы разные. Можно убрать все гэпы, но тогда заметно увеличится число несовпадающих букв, поэтому вариант убрать все гэпы - неудачный. Чтобы увеличить вес надо учитывать, что хотя буквы могут быть и различны, но аминокислотные остатки, скрывающиеся за этими буквами, могут иметь похожее строение и(или) свойства. Если учитывать этот факт и не ставить точки в таких случаях, вес выравнивания обязательно увеличится.
Это задание выполнено с помощью редактора GeneDoc. Выравнивали последовательность BIOB_Ecoli и его гомолог из организна Vibrio cholerae Q9KSZ4_VIBCH. Результат можно посмотреть в файле second_aln.msf