На страницу III-ого семестра

A- и B-формы ДНК

  1. Сравнение А-, B-форм ДНК и спирали ДНК dna41.pdb

     A-формаB-формаФайл dna41.pdb
    Тип спирали (правая или левая) праваяправаяправая
    Шаг спирали (Å) 28,0333,7533,07(для B цепи 33,35)
    Число оснований на виток 111010
    Ширина большой бороздки 7,98 (от 7 нукл)17,21 (от 7 нукл)18,22 (от 7 нукл)
    Ширина малой бороздки 16,81 (от 7 нукл)11,69 (от 7 нукл)12,94 (от 7 нукл)

    По геометрическим параметрам данная ДНК ближе к В-форме. Небольшие отклонения от идеального варианта, говорят лишь о том, что в природе нет ничего идеального...

  2. Исследование торсионных углов

    Таблица. Торсионные угла в ДНК. (Для А- и B-форм для разных оснований торсионные углы одного типа одинаковые)
      α β γ δ ε ζ χ
    A-форма -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
    B-форма -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0

    Таблица. Торсионные углы в структуре ДНК dna41.pdb. 
    Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 A     ---     ---    175.9   139.2   172.7   -97.2  -108.0
   2 C    -60.5  -168.7    51.6   138.8  -166.6   -96.6  -105.8
   3 C    -52.9   172.7    34.8   120.4  -176.8   -93.0  -109.8
   4 G    -60.3   174.8    50.1   137.1  -148.8  -169.7   -92.7
   5 A    -48.3   149.6    46.2   142.2  -172.2   -86.1  -111.6
   6 C    -63.9   175.5    47.0   110.5  -174.8   -85.3  -119.9
   7 G    -61.4   172.7    46.2   112.1   176.9   -91.9  -115.0
   8 T    -54.9   176.4    45.2   115.6   178.3   -90.5  -117.1
   9 C    -53.6   162.9    48.2    86.2  -166.4   -83.6  -141.6
  10 G    -56.6   177.6    57.4   140.1  -178.9   -93.2  -107.5
  11 G    -68.4  -175.3    48.7   119.0   178.6   -87.7  -116.0
  12 T    -72.3   173.7    58.5    84.9    ---     ---   -137.5

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 T    -72.0   173.8    51.7    83.4    ---     ---   -136.7
   2 G    -57.6  -177.5    32.5   138.1  -179.2   -91.4  -104.7
   3 G    -64.4   154.4    43.3   146.4  -170.2  -106.8  -100.0
   4 C    -60.3   171.9    40.2   141.0  -129.4  -178.4   -81.9
   5 T    -57.9  -175.7    49.4   132.3  -168.6   -90.7  -108.3
   6 G    -73.5   141.4    39.5   132.3  -176.3  -100.7  -113.3
   7 C    -66.5   172.6    38.7   138.1   -96.5   169.9   -88.6
   8 A    -55.7   175.8    46.0   140.7  -162.8   -87.8  -116.3
   9 G    -75.3   173.2    48.1   135.6  -171.1  -134.7   -98.2
  10 C    -54.7   163.3    48.0   117.8  -164.8   -84.0  -120.7
  11 C    -68.8   178.3    55.2   124.3  -160.4  -112.9  -111.3
  12 A     ---     ---   -175.2   148.2  -177.3   -83.8  -109.3

    Рассматривая вышеприведенную таблицу углов, можно заметить, что тут уже нет такого единообразия, как для идеальных A- и B- форм. Все углы одного типа находятся вблизи одного значения, за некоторым исключением. Для некоторых оснований значение некоторых углов сильно отклоняется от общего среднего значения. Эти отклонения обуславливают отличие данной ДНК от идеальной формы. Торсионные углы данной ДНК ближе к B-форме.
    *Программа analyse выдает много полезной информации. Например, она узнает направление закручивания спирали ДНК, а также определяет форму спирали (A или B)

  3. Стопочные модели

    Вид сбоку Структура Вид сверху
    А-форма ДНК
    B-форма ДНК
    Структура dna41.pdb

© Sedliarov Vitaliy