На страницу III-ого семестра

Банк EMBL

  1. Сравнение разных записей в EMBL

    2. Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    		 Дата создания
    документа
    Описание
    Длина пос-ти
    U00096 genomic DNA STD (standart) PRO (prokaryote) 23-FEB-2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome. 4639675
    A11530 unassigned DNA PAT (patent) PRO (prokariote) 09-FEB-1994 BioB gene of E.coli with primers 1084
    J04423 genomic DNA STD (standart) PRO (prokaryote) 20-FEB-1989 E.coli 7,8-diamino-pelargonic acid (bioA), biotin synthetase (bioB), 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthetase (bioF), bioC protein, and dethiobiotin synthetase (bioD), complete cds. 5793

  2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

    3. Последовательности, кодирующие белок BIOB_Ecoli в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи A11530 J04423
    Начало гена в записи 24 2012
    Конец гена в записи 1064 3052
    Направление гена прямое прямое
    Примечания*    

    В двух сравниваемых нуклеотидных последовательностях, обнаружено несовпадение в 188 и 189 позициях. Для выявления истины был "привлечен" полный геном E_coli. Итак... 

            188 189
J04423    c   g  (участок ДНК E_coli, файл создан в 1989 году)
A11530    g   c  (патентованая последовательность гена bioB, файл создан в 1994 году)
U00096    g   c  (полный геном E_coli, файл создан в 2006 году)
    Поскольку такая замена не синонимична, вероятно, что в первую последовательность закралась ошибка, которая была позднее исправлена... Есть больше поводов доверять последовательности гена, взятую из полного генома.

  3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома

    4. Ген HLA-G находится в геноме человека между 2108973 и 2113353 нуклеотидами на комплементарной цепи. Схематичное изображение транслируемых участков гена:

    <-[2109383..2109647]--...--[2112099..2112368]----

    Всего экзонов в гене 7. Самые длинные экзоны 275 bp 2110722..2110997 и 2111597..2111872. Самый длиный интрон 777 bp 2112576..2113353. Всего интронов 8.
    Рассчеты можно посмотреть в файле gencount.xls

© Sedliarov Vitaliy