PAL2NAL output

              M   A   H   R   P   R   W   T   L   S   Q   V   T   E   L   F   E   K   P   L
BIOB_ECOLI    atg gct cac cgc cca cgc tgg aca ttg tcg caa gtc aca gaa tta ttt gaa aaa ccg ttg
              -   -   M   K   R   K   W   N   L   E   D   T   K   K   L   F   S   K   P   F
BIOB_BUCAP    --- --- atg aaa cga aaa tgg aac cta gaa gat aca aaa aaa ctt ttt tca aaa ccc ttt

              L   D   L   L   F   E   A   Q   Q   V   H   R   Q   H   F   D   P   R   Q   V
BIOB_ECOLI    ctg gat ctg ctg ttt gaa gcg cag cag gtg cat cgc cag cat ttc gat cct cgt cag gtg
              F   D   L   I   F   E   A   Q   K   K   H   R   E   Y   F   N   P   N   R   I
BIOB_BUCAP    ttt gat ctt ata ttc gaa gct caa aaa aaa cac cgt gaa tat ttt aat cct aat aga ata

              Q   V   S   T   L   L   S   I   K   T   G   A   C   P   E   D   C   K   Y   C
BIOB_ECOLI    cag gtc agc acg ttg ctg tcg att aag acc gga gct tgt ccg gaa gat tgc aaa tac tgc
              Q   I   S   T   L   L   S   I   K   T   G   A   C   P   E   D   C   K   Y   C
BIOB_BUCAP    caa att agt aca tta cta tca att aaa act gga gcg tgt cca gaa gat tgc aag tat tgt

              P   Q   S   S   R   Y   K   T   G   L   E   A   E   R   L   M   E   V   E   Q
BIOB_ECOLI    ccg caa agc tcg cgc tac aaa acc ggg ctg gaa gcc gag cgg ttg atg gaa gtt gaa cag
              P   Q   S   S   R   Y   K   T   G   L   K   K   E   P   L   L   E   I   E   Q
BIOB_BUCAP    cca caa agt tca aga tat aaa act ggt tta aaa aaa gag ccg tta tta gaa ata gaa caa

              V   L   E   S   A   R   K   A   K   A   A   G   S   T   R   F   C   M   G   A
BIOB_ECOLI    gtg ctg gag tcg gcg cgc aaa gcg aaa gcg gca gga tcg acg cgc ttc tgt atg ggc gcg
              I   L   K   A   A   K   K   A   K   S   S   G   S   T   R   F   C   M   G   A
BIOB_BUCAP    att tta aaa gct gca aaa aaa gct aaa tct tca ggt tca act cga ttt tgc atg ggt gct

              A   W   K   N   P   H   E   R   D   M   P   Y   L   E   Q   M   V   Q   G   V
BIOB_ECOLI    gcg tgg aag aat ccc cac gaa cgc gat atg ccg tac ctg gaa caa atg gtg cag ggg gta
              A   W   K   N   P   K   E   K   D   M   P   Y   L   E   K   I   V   K   E   V
BIOB_BUCAP    gca tgg aaa aat cct aaa gaa aaa gat atg cca tat tta gaa aaa att gtt aaa gaa gta

              K   A   M   G   L   E   A   C   M   T   L   G   T   L   S   E   S   Q   A   Q
BIOB_ECOLI    aaa gcg atg ggg ctg gag gcg tgt atg acg ctg ggc acg ttg agt gaa tct cag gcg cag
              K   K   M   G   M   E   T   C   M   T   L   G   T   L   N   N   S   Q   A   K
BIOB_BUCAP    aaa aaa atg ggc atg gaa acc tgt atg act tta gga aca tta aat aat tct cag gca aaa

              R   L   A   N   A   G   L   D   Y   Y   N   H   N   L   D   T   S   P   E   F
BIOB_ECOLI    cgc ctc gcg aac gcc ggg ctg gat tac tac aac cac aac ctg gac acc tcg ccg gag ttt
              K   L   A   K   A   G   L   D   F   Y   N   H   N   L   D   T   S   S   N   F
BIOB_BUCAP    aaa tta gct aaa gca ggt tta gat ttt tat aat cat aat tta gat aca tca tct aat ttt

              Y   G   N   I   I   T   T   R   T   Y   Q   E   R   L   D   T   L   E   K   V
BIOB_ECOLI    tac ggc aat atc atc acc aca cgc act tat cag gaa cgc ctc gat acg ctg gaa aaa gtg
              Y   S   S   I   I   T   T   R   T   Y   E   E   R   L   S   T   L   K   K   V
BIOB_BUCAP    tat agc agt att ata aca act cgt aca tat gaa gaa cgt tta agt act tta aaa aag gtt

              R   D   A   G   I   K   V   C   S   G   G   I   V   G   L   G   E   T   V   K
BIOB_ECOLI    cgc gat gcc ggg atc aaa gtc tgt tct ggc ggc att gtg ggc tta ggc gaa acg gta aaa
              R   N   S   G   M   K   I   C   S   G   G   I   I   G   L   G   E   K   K   Q
BIOB_BUCAP    cga aat tca ggt atg aaa att tgt tct gga gga att att ggt ctt ggg gaa aaa aaa caa

              D   R   A   G   L   L   L   Q   L   A   N   L   P   T   P   P   E   S   V   P
BIOB_ECOLI    gat cgc gcc gga tta ttg ctg caa ctg gca aac ctg ccg acg ccg ccg gaa agc gtg cca
              D   R   M   E   L   L   M   E   L   S   N   L   S   I   Q   P   E   S   V   P
BIOB_BUCAP    gat cgt atg gaa ctt tta atg gaa tta tct aat tta tct att caa cca gaa agt gta cca

              I   N   M   L   V   K   V   K   G   T   P   L   A   D   N   D   D   V   D   A
BIOB_ECOLI    atc aac atg ctg gtg aag gtg aaa ggc acg ccg ctt gcc gat aac gat gat gtc gat gcc
              I   N   M   L   V   K   I   P   G   T   P   M   E   K   N   E   N   V   D   P
BIOB_BUCAP    ata aat atg tta gta aaa ata cca gga aca cct atg gaa aaa aat gaa aat gtc gat cca

              F   D   F   I   R   T   I   A   V   A   R   I   M   M   P   T   S   Y   V   R
BIOB_ECOLI    ttt gat ttt att cgc acc att gcg gtc gcg cgg atc atg atg cca acc tct tac gtg cgc
              F   E   F   I   R   V   I   A   A   T   R   I   M   M   P   K   S   Y   I   R
BIOB_BUCAP    ttt gaa ttt att aga gtt att gca gct aca aga att atg atg cca aaa tct tat att cga

              L   S   A   G   R   E   Q   M   N   E   Q   T   Q   A   M   C   F   M   A   G
BIOB_ECOLI    ctt tct gcc gga cgc gag cag atg aac gaa cag act cag gcg atg tgc ttt atg gca ggc
              L   S   A   G   R   E   N   M   S   D   E   T   Q   A   M   C   F   M   A   G
BIOB_BUCAP    ttg tct gca ggt cgt gaa aac atg agt gat gaa act caa gct atg tgt ttt atg gca gga

              A   N   S   I   F   Y   G   C   K   L   L   T   T   P   N   P   E   E   D   K
BIOB_ECOLI    gca aac tcg att ttc tac ggt tgc aaa ctg ctg acc acg ccg aat ccg gaa gaa gat aaa
              A   N   S   I   F   Y   G   C   K   L   L   T   S   S   N   P   K   E   E   K
BIOB_BUCAP    gca aat tct att ttt tat gga tgt aaa tta tta act tca agt aat ccg aaa gaa gaa aaa

              D   L   Q   L   F   R   K   L   G   L   N   P   Q   Q   T   A   V   L   A   G
BIOB_ECOLI    gac ctg caa ctg ttc cgc aaa ctg ggg cta aat ccg cag caa act gcc gtg ctg gca ggg
              D   Q   K   L   F   E   K   L   D   L   F   P   -   D   Y   K   I   Q   S   I
BIOB_BUCAP    gat caa aaa ctt ttt gaa aaa tta gat ctt ttt cct --- gat tac aag ata caa agc att

              D   N   E   Q   Q   Q   R   L   E   Q   A   L   M   T   P   D   T   D   E   Y
BIOB_ECOLI    gat aac gaa caa cag caa cgt ctt gaa cag gcg ctg atg acc ccg gac acc gac gaa tat
              T   E   E   N   K   N   N   E   N   L   K   I   S   D   V   N   K   A   Q   Y
BIOB_BUCAP    aca gaa gaa aat aaa aat aat gaa aac tta aaa ata tct gat gta aat aaa gca caa tac

              Y   N   A   A   A   L
BIOB_ECOLI    tac aac gcg gca gca tta
              Y   N   A   A   I   -
BIOB_BUCAP    tat aat gcg gca att ---