В качестве объекта для визуализации мне достался трипсин дикого быка (Bos taurus) в комплексе с 2-аминопиридином (PDB ID: 5NM1).
Результаты измерений следующие. Несколько значений для одной связи отражают неколько возможных положений, записанных в исходном файле.
# | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
---|---|---|---|
Альфа-спирали | |||
1 | N(168Cys) - O(164Ser) | 2,93 | 162,1 |
2 | N(170Ser) - O(166Ser) | 2,95 | 150,2 |
2,97 | 162,2 | ||
3 | N(171Ala) - O(167Ser) | 3,01 | 153,2 |
2,92 | 154,5 | ||
4 | N(238Ile) - O(234Tyr) | 2,83 | 164,8 |
5 | N(239Lys) - O(235Val) | 2,92 | 168,6 |
6 | N(249Gln) - O(236Ser) | 3,02 | 167,6 |
2,94 | 170,5 | ||
2,92 | 171,2 | ||
7 | N(241Thr) - O(237Trp) | 2,88 | 162,3 |
8 | N(243Ala) - O(239Lys) | 3,00 | 153,4 |
9 | N(242Ile) - O(238Ile) | 2,94 | 171,8 |
среднее: | 2,93 | 162,5 | |
Бета-слои | |||
1 | N(105Leu) - O(89Ile) | 2,89 | 159,3 |
2 | N(89Ile) - O(105Leu) | 2,78 | 160,2 |
3 | N(107Lys) - O(87Lys) | 2,96 | 166,8 |
4 | N(86Ser) - O(107Lys) | 2,82 | 152,7 |
5 | N(65Val) - O(83Ile) | 2,81 | 156,1 |
6 | N(83Ile) - O(65Val) | 2,91 | 164,1 |
7 | N(67Leu) - O(81Gln) | 2,84 | 172,9 |
8 | N(81Gln) - O(67Leu) | 3,10 | 154,7 |
2,87 | 156,1 | ||
9 | N(32Ser) - O(66Arg) | 2,99 | 164,5 |
среднее: | 2,90 | 160,7 |
Согласно Baker, Hubbard (1984), характерные значения дистанции N-O и угола N-H-O равны 2.99±0.1 Å, 155±11° для альфа-спиралей и 2.91±0.14 Å, 160±10° для (антипараллельных) бета-листов.
Таким образом, измеренные параметры водородных связей согласуются с теоретическими. Для бета-листов они близки к идеальным, для альфа-спирали дистанция N-O меньше идеальной, а угол N-H-O больше, пусть и в пределах нормального разброса.