Визуализация молекул в J(S)Mol

В качестве объекта для визуализации мне достался трипсин дикого быка (Bos taurus) в комплексе с 2-аминопиридином (PDB ID: 5NM1).


Посмотреть скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода.

Результаты измерений следующие. Несколько значений для одной связи отражают неколько возможных положений, записанных в исходном файле.

Параметры водородной связи.
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
1 N(168Cys) - O(164Ser) 2,93 162,1
2 N(170Ser) - O(166Ser) 2,95 150,2
2,97 162,2
3 N(171Ala) - O(167Ser) 3,01 153,2
2,92 154,5
4 N(238Ile) - O(234Tyr) 2,83 164,8
5 N(239Lys) - O(235Val) 2,92 168,6
6 N(249Gln) - O(236Ser) 3,02 167,6
2,94 170,5
2,92 171,2
7 N(241Thr) - O(237Trp) 2,88 162,3
8 N(243Ala) - O(239Lys) 3,00 153,4
9 N(242Ile) - O(238Ile) 2,94 171,8
среднее: 2,93 162,5
Бета-слои
1 N(105Leu) - O(89Ile) 2,89 159,3
2 N(89Ile) - O(105Leu) 2,78 160,2
3 N(107Lys) - O(87Lys) 2,96 166,8
4 N(86Ser) - O(107Lys) 2,82 152,7
5 N(65Val) - O(83Ile) 2,81 156,1
6 N(83Ile) - O(65Val) 2,91 164,1
7 N(67Leu) - O(81Gln) 2,84 172,9
8 N(81Gln) - O(67Leu) 3,10 154,7
2,87 156,1
9 N(32Ser) - O(66Arg) 2,99 164,5
среднее: 2,90 160,7

Согласно Baker, Hubbard (1984), характерные значения дистанции N-O и угола N-H-O равны 2.99±0.1 Å, 155±11° для альфа-спиралей и 2.91±0.14 Å, 160±10° для (антипараллельных) бета-листов.

Таким образом, измеренные параметры водородных связей согласуются с теоретическими. Для бета-листов они близки к идеальным, для альфа-спирали дистанция N-O меньше идеальной, а угол N-H-O больше, пусть и в пределах нормального разброса.

Источники

  • Baker, E. N., & Hubbard, R. E. (1984). Hydrogen bonding in globular proteins. Progress in Biophysics and Molecular Biology, 44(2), 97–179