Филогенетические деревья-4


1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Поиском blastp по протеомам отобранных бактерий гомологов последовательности CLPX_ECOLI с ограничением на e-value равным 0.001 дал следующий результат:


                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  sp|Q8ZC66|CLPX_YERPE ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   805    0.0
  sp|A4XTZ6|CLPX_PSEMY ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   658    0.0
  sp|Q3SI99|CLPX_THIDA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   642    0.0
  sp|Q1BH84|CLPX_BURCA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   621    0.0
  sp|Q5P160|CLPX_AROAE ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   619    0.0
  sp|A4SXD7|CLPX_POLAQ ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   613    0.0
  sp|Q92QQ2|CLPX_RHIME ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   596    0.0
  sp|Q9JTX8|CLPX_NEIMA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   557    0.0
  sp|Q8ZJJ5|HSLU_YERPE ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  95.1    2e-21
  sp|Q5P503|HSLU_AROAE ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  93.6    1e-20
  sp|A4XPN6|HSLU_PSEMY ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  93.2    1e-20
  sp|Q92TA7|HSLU_RHIME ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  92.8    2e-20
  tr|Q3SFW1|Q3SFW1_THIDA ATP-dependent protease ATPase subunit Hs...  86.7    2e-18
  sp|Q1BSM8|HSLU_BURCA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  82.4    5e-17
  tr|A0A2S9PH39|A0A2S9PH39_YERPE Putative magnesium chelatase fam...  46.2    2e-05
  tr|A0A5P8YCE6|A0A5P8YCE6_YERPE Cell division protein OS=Yersini...  45.8    3e-05
  tr|Q92M98|Q92M98_RHIME ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  45.4    4e-05
  tr|A0A0H2XMS5|A0A0H2XMS5_BURCA ATP-dependent zinc metalloprotea...  43.9    1e-04
  tr|Q3SJR4|Q3SJR4_THIDA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  43.5    2e-04
  tr|A4SXL5|A4SXL5_POLAQ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  43.5    2e-04
  sp|Q9JUB0|RUVB_NEIMA Holliday junction ATP-dependent DNA helica...  42.7    2e-04

Полные описания последовательностей можно посмотреть в fasta-файле.


2. Реконструкция и визуализация

Белки были выровнены программой muscle с параметрами по умолчанию на kodomo, по полученному выравниванию построено дерево методом Neighbor-Joining.

Скобочная формула получившегося дерева:

(((((((CLPX_PSEMY,CLPX_THIDA),CLPX_YERPE),(CLPX_POLAQ,(CLPX_BURCA,CLPX_AROAE))),CLPX_RHIME),CLPX_NEIMA),(HSLU_RHIME,((HSLU_YERPE,HSLU_PSEMY),(HSLU_BURCA,(HSLU_AROAE,Q3SFW1_THIDA))))),(RUVB_NEIMA,(A0A5P8YCE6_YERPE,(Q92M98_RHIME,(Q3SJR4_THIDA,(A0A0H2XMS5_BURCA,A4SXL5_POLAQ))))),A0A2S9PH39_YERPE);
Полное филогенетическое древо найденных гомологичных белков. Названия белков не всегда соответствует мнемонике, эта информация бралась из описания последовательности.

Ортологи: HSLU_AROAE и Q3SFW1_THIDA; CLPX_NEIMA и CLPX_PSEMY; Q92M98_RHIME и Q3SJR4_THIDA
Паралоги: A0A2S9PH39_YERPE и A0A5P8YCE6_YERPE; CLPX_RHIME и HSLU_RHIME; Q3SFW1_THIDA и CLPX_THIDA

То же дерево, но ветви, соответствующие группам взаимно ортологичных белков свёрнуты.
ClpX (ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX) содержит по белку из всех восьми организмов, филогения не соответствует реальной;
HslU (ATP-dependent protease ATPase subunit HslU) содержит по белку из всех организмов, кроме POLAQ, филогения соответствует реальной;
FtsH (ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH) содержит белки только из RHIME, THIDA, BURCA, POLAQ, филогения соответствует реальной.