Uniprot

Информация о белке:
(получена с помощью команды entret sw:yabj_bacsu yabj_bacsu.info)

-!- SUBUNIT: Homotrimer.                                               
-!- SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm.                                   
-!- SIMILARITY: Belongs to the RutC family.                            
-!- CAUTION: Was originally (PubMed:10368157) thought to have a role   
    in the purine repressor-mediated regulation of purA or the pur     
    operon. The effect of yabJ on regulation of purA was due to the    
    orientation of the marker gene downstream of purR in the yabJ      
    mutant strain used in PubMed:10368157.                             
-----------------------------------------------------------------------
Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms
Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License    
----------------------------------------------------------------------- 

Попробуем поискать белки, похожие на мой:

В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? В цитоплазме.

Какие аминокислотные остатки участвуют в образовании активного центра? Наиболее важным участком белка является щель между боковыми цепями. Можно предположить, что такими аминокислотными остатками являются остатки 105-108 каждой из цепей.

Какие ионы связываются с белком? Hg2+ (1, mercury (II) ion) и C2 H5 Hg+ (2, ethyl mercury ion)

Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого? Остатки 104cys-105val связывают hg2+; остатки 87val-88asn - emc+

Какой функции этого белка посвящена одна из статей, упомянутых в записи? Функция белка (и всего семейства подобных белков) еще достоверно не известна, но, скорее всего, белок YABJ является репрессором пурина в клетке.

Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? На первом этапе синтеза белка ДНК транскрибируется в свою транспортную форму – матричную РНК (мРНК), которая экспортируется из ядра клетки в ее цитоплазму. Крошечные "фабрики" по производству белка – рибосомы – связываются с мРНК и приступают к своей работе. Они "считывают" серии нуклеотидов и переводят их в аминокислоты. Они никогда не начинают выполнение этой задачи ни с начала мРНК, ни с какой-либо случайной ее точки, но всегда Рибосомы всегда начинают свою работу всегда с триплета AUG – стартового кодона. Этот триплет кодирует аминокислоту метионин, что означает, что в любом белке первой аминокислотой должен быть метионин. Однако метионин может встречаться в молекуле белка и в других положениях. Поэтому встает вопрос: как рибосомы узнают, является ли данный триплет AUG стартовым сигналом?
У прокариот существует последовательность Шайна-Дальгарно - последовательность нуклеотидов матричной РНК, которая остается практически неизменной на протяжении всей эволюции и находится около стартового кодона. В рибосомах есть анти-последовательность Шайна-Дальгарно, которая образует прочную связь с SD-последовательностью матричной РНК. Перемещаясь вдоль мРНК в поисках стартового кодона, рибосома вынуждена остановиться у SD-последовательности и, следовательно, находит правильную стартовую точку для синтеза белка. Однако существуют матричные РНК, в которых нет последовательности Шайна-Дальгарно, и, тем не менее, рибосомам удается найти именно стартовый триплет AUG. Механизм, позволяющий правильно идентифицировать стартовый сигнал, до сих пор оставался совершенно неизвестным.
По последним данным решающую роль здесь играет структура – а, точнее, ее отсутствие – матричной РНК. Тот факт, что рибосомы распознают стартовый кодон и в таких мРНК, вероятно, объясняется тем, что к нему очень легко получить доступ. Матричные РНК обычно не представляют собой длинных цепочек, а образуют петли и шпилечные структуры. Однако рибосома может связаться только с неструктурированным участком мРНК, и в этом заключается весь секрет.

STRAND        3      5
STRAND       18     23
STRAND       26     29
HELIX        46     63
HELIX        68     70
STRAND       71     79
HELIX        81     83
HELIX        84     94
STRAND       95     97
STRAND      101    106
HELIX       111    113
STRAND      115    123 

INIT_MET      1      1       Removed.                 
CHAIN         2    125       RutC family protein yabJ.     
and secondary structure                             /FTId=PRO_0000170330.