В данном белке две цепи, в каждой из которых по одному гидрофобному ядру.
В цепи А core2, обозначенное зеленым цветом и в цепи В core15,
обозначенное синим. В core2 477 атомов, а в core15 – 464 атома,
что составляет примерно по 40% от общего количества атомов, в целом,
гидрофобное ядро составляет 79,75% всего белка.
Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре
Для исследования плотности упаковки атомов был выбран остаток
гистидина и изучено расположение атомов, расположенных рядом.
Видно, что большинство соседних атомов расположено на расстоянии
около 5 А от фенилаланина, то есть 5 А – характерное расстояние
между атомами. На расстоянии 7 А соседние атомы полностью покрывают
остаток.
Ван-дер-ваальсов радиус кислорода равен 1,4 А,
значит его диаметр равен 2,8 А,
то есть молекуле воды будет почти невозможно
поместится между соседними атомами,
так как 2,8+1,5*2(примерные радиусы двух соседних атомов)=5,8,
что меньше характерного расстояния.
Кроме того, в данном примере рассматривается гидрофобное ядро
, поэтому вода не сможет разместится внутри него.
ДНК-белковый комплекс
Данный белок является гидролазой,
функция которой – гидролиз связей в ДНК.
Также комплексы с ДНК могут образовывать другие белки: полимеразы, изомеразы, хеликазы, лигазы, участвующие в транскрипции и репарации ДНК, гистоны, упаковывающие ДНК и так далее.