| Главная страница |
А-форма
B-форма
Z-форма
2.
- сахарофосфатный остов ДНК показан желтым цветом
- все нуклеотиды показаны белым цветом (вся ДНК состоит из нуклеотидов)
- все нуклеотиды, содержащие основание аденин, показаны красным цветом
- атомы N7 во всех гуанинах показаны желтым цветом и выделены шариками
ДНК
РНК
Разрывов в структуре не обнаружено.
3. Определение больших и малых бороздок; расположение атомов в азотистом основании рассматривается на примере тимина в 7 положении:
В-форма
А-форма
B-форма:
В сторону большой бороздки обращены атомы 7.C6, 7.C5M, 7.O4, 7.C4 и 7.C5
В сторону малой бороздки обращены атомы 7.C2 и 7.O2
Остальные атомы основания лежат на границе бороздок
А-форма:
В сторону малой бороздки обращены атомы 7.C6, 7.C5M и 7.C5
В сторону большой бороздки обращены остальные атомы
Так как в А-форме цепи скручены по другому и другой шаг спирали, атомы, которые были направлены в сторону большой бороздки стали обращены в сторону малой.
Z-форма:
состоит только из С и G
Сравнение спиральных параметров различных форм ДНК
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 нм | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 13 | 10 | 13 | Ширина большой бороздки (от [G]29:B) | 21,34 | 20,58 | 28,07 | Ширина малой бороздки (от [G]29:B) | 9,63 | 13,2 | 14,37 |
В А-форме ширина большой бороздки больше, а малой меньше, то есть у А-формы сильнее выражено различие бороздок, чем у В.
Сравнение торсионных углов:
Торсионный угол |
α |
β |
γ |
δ |
ε |
ζ |
χ |
| A-форма из презентации | 62 | 173 | 52 | 88/3 | 178 | -50 | -160 |
| A-форма | -51.7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| B-форма из презентации | 63 | 171 | 54 | 123/131 | 155 | -90 | -117 |
| B-форма | -29.9 | 136,3 | 31,2 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98,0 |
4.Сравнение торсионных углов разных форм ДНК и РНК:
Торсионный угол |
α |
β |
γ |
δ |
ε |
ζ |
χ |
| ДНК A | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,08 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| ДНК B | -29,9 | 136,36 | 31,14 | 143,34 | -140,8 | -160,5 | -98 |
| ДНК Z | -113,5 | 42,3 | -43,75 | 21,1 | -116,25 | 8,55 | -47,8 |
| тРНК | -33,23 | 42,06 | 61,4 | 86,82 | -149,45 | -73,52 | -145,78 |
По таблице видно, что среди разных форм ДНК сильнее всего различаются углы δ и χ, кроме того торсионные углы Z-формы отличаются очень сильно за счет периодической смены знака.
По значениям торсионных углов тРНК наиболее близка к А-форме.
Самые "деформированные" нуклеотиды у тРНК: 11G, 26C, 28G (первая цепь) и 18G (вторая цепь) - у них у всех значения углов α и γ заметно откланяются от остальных.
Стебли во вторичной структуре тРНК:
| цепь 1 | цепь 2 | |
| №1 | 501-507 | 573-567 |
| №2 | 550-554 | 566-562 |
| №3 | 540-546 | 532-527 |
| №4 | 510-513 | 526-523 |
Также в структуре найдены неканонические пары: 2 UG, АС, АG. Дополнительная водородная связь, не относящаяся к стеблю: G-C (520-557).
Для изучения стекинг-взаимодействий взяты две пары азотистых оснований: GC/GC, перекрывание которых максимально (12,21).
