| Главная страница |
с помощью программы einverted был найден один инвертированный участок:
1-----7
ccggcgg
ccgccgg
67---73
Сначала программа запускалась с параметрами по умолчанию:
Gap penalty: 12 Minimum score threshold: 50 Match score: 3 Mismatch score:-4
В этом случае ничего не нашлось, при уменьшении параметра Minimum score threshold до 25 также ничего не было найдено. Далее, при уменьшении этого параметра до 15 (и последующих уменьшений вплоть до 0), нашелся один инвертированный участок.
Сравнение результатов, полученных с помощь_st разных программ:
Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 501-507 573-576 всего 7 |
7 | 7 |
| D-стебель | 550-554 566-562 всего 4 |
0 | 4 |
| T-стебель |
540-545 532-527 всего 6 |
0 | 5 |
| Антикодоновый стебель | 510-513 526-523 всего 4 |
0 | 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 7 | 20 |
2.ДНК-белковые контакты: Полярные контакты - ситуация, в которой расстояние между полярным атомом (кислород, азот) белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярные контакты - пара неполярных атомов (углерод, фосфор, сера) на расстоянии меньше 4.5Å.
Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 9 (красный) | 9 |
| остатками фосфорной кислоты | 8(синий) | 5(зеленый) | 13 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2(желтый) | 5(оранжевый) | 7 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
В целом между ДНК и белком наблюдается очень мало контактов (суммарно 29). Примерно 2/3 – это полярные контакты. Больше всего контактов образуется между белком и остатками фосфорной кислоты. В малую бороздку белковые цепи совсем не заходят.
Схема ДНК-белковых контактов, построенная программой nucplot:
Общее количество контактов примерно совпадает с количеством контактов, посчитанных в предыдущей таблице. Аминокислотный остаток, образующий наибольшее количество контактов с ДНК – это Gln76(A). Он образует две связи с одним нуклеотидом: с аденином и остатком фосфорной кислоты.
На мой взгляд, наиболее важный аминокислотный остаток для распознавания нуклеотидной последовательности – это Arg74, который образует две связи с гуанином.
