| Главная страница |
Чистая последовательность.
Начало и конец хроматограмм имеют очень низкое качество.
Концы хроматограмм.
Координаты нечитаемых областей (указываются по прямой цепи):
Прямая:
5' 1-71
3' 656-700
Комплементарная к обратной:
5' 1-18
3' 648-671
Обе хроматограммы достаточно качественные:
- вдоль оси X средняя сила шума и сигнала почти равномерна, но сила сигналов хроматограммы прямой цепи увеличивается к концу
- на всем протяжении хроматорграммы сила сигнала превосходит шум примерно в 16 раз
- сила сигналов может различаться в 5-6 раз, также сила зависит от нуклеотидов: на прямой цепи пики A и G, а на комплементарной к обратной А и С часто превышают среднее значение
- в целом, хроматограмма обратной цепи хуже: спорных нуклеотидов в ней больше, на участке 570-580 - пятно
Спорных мест оказалось немного.
На прямой цепи:
Участок 29-33: между 29 G и 30 А расстояние больше среднего, между ними заметен С сигнал, превышающий средний уровень шума, на промежутке 31-33 также имеется Т сигнал также выше общего уровня шума. Однако проверка по второй цепи показала, что это шум.
Нуклеотид 207: на прямой цепи неясно, что это за нуклеотид, хотя пик Т сильнее. Вторая цепь подтверждает, что это Т.
Промежуток 231-232: между двумя пиками T небольшой сигнал G. По второй цепи можно сказать, что это шум.
На обратной к комплементарной:
Пятно на участке 570-580: по второй цепи видно, что все нуклеотиды прочитаны верно.
Нуклеотиды на позициях 158, 557, 561 определены как Т и на позиции 625 - как А, на 264 - С.
Участок с очевидными сигналами.
Выравнивание JalView.
Пример нечитаемой хроматограммы:
В начале и конце хроматограммы наблюдаются пятна, из которых невозможно вычленить сигналы от отдельных нуклеотидов, в середине же сигналы очень слабые и, по сути, являются шумом. Возможно, праймер отжегся неправильно.