| Главная страница |
Организм Canis lupus familiaris (собака).
Всего есть 3 сборки генома, самая полная из которых (на хромосомном уровне) имеет три версии. Представлены три породы: боксер, пудель и бигль. Я выбрала последнюю версию этой сборки CanFam3.1 (боксера по кличке Таша).
Общее число проектов - 5: PRJNA13179, PRJNA176193, PRJNA10628, PRJNA13179 и PRJNA12384.Число образцов – 4: SAMN02953603, SAMN01737209, SAMN03004377, SAMN02953603.
Для сборки боксера:
Проект PRJNA13179 (ID: 13179)
Описание:
Геном секвенирован Dog Genome Sequencing Consortium во главе с Broad Institute. Геном с 7,6-кратным покрытием был получен с помощью WGS (whole genome shotgun). Образец взят у самки боксера. Порода была выбрана на основе анализа 60 пород собак, который показал, что эта боксер является одной из пород с наименьшим количеством изменений генома.
Образец SAMN02953603 (GenBank: gb|AAEX00000000.3)
В описании образца указана таксономия, пол и порода собаки. Также предлагаются два проекта, в которых используется этот образец.
Число контигов - 27,106.
Число скэффолдов - 3,310.
Всего два скэффолда: CM000001-CM000039 и JH373152-JH374193.
Таблицу контигов можно посмотреть здесь.
N50 = 267,478
L50 = 2,436
Самый длинный контиг 2,428,071
Самый короткий контиг 136 (его последовательность)
Митохондриальный геном мха
Вид мха - Sanionia uncinata (cаниония крючковатая).
По запросу (Sanionia uncinata[Organism]) AND mitochondrion[Title] в базе данных Nucleotide (NCBI) было найдено две записи: одна из NCBI, вторая из GenBank.
Число генов РНК - 3 рРНК и 24 тРНК.
Число генов белков – 40.
Список генов, отсортированный по началу в геноме.
Десять ключей, используемых в таблицах особенностей:
| Ключ | Описание | Пример |
| mat_peptide | Зрелый пептид или белок-кодирующая последовательность; продукт после пост-трансляционной модификации. | 55..399 /gene="TCR1A" |
| mobile_element | Область генома, содержащая мобильныеэлементы. | /mobile_element_type="transposon:Tnp9" |
| operon | Оперон. | 160..6865 /operon="gal" |
| repeat_region | Область генома, содержащая повторяющиеся единицы. | 80..401 /rpt_type=DISPERSED /rpt_family="Alu-J" |
| rep_origin | Ориджин репликации. | 6 /direction=LEFT /note="ori" |
| sig_peptide | Кодирующая последовательность сигнального пептида; последовательность, кодирующая N-концевой домен секретируемого белка. | 1..54 /gene="TCR1A" |
| V_region | Вариабельная область легкой и тяжелой цепи иммуноглобулина, и Т-клеточного рецептора альфа, бета и гамма цепи. | 55..327 /gene="TCR1A" |
| J_segment | Присоединенительный сегмент легкой и тяжелой цепи иммуноглобулина, и Т-клеточного рецептора альфа, бета и гамма цепи. | 328..393 /gene="TCR1A" |
| source | Источник; данный ключ является обязательным. | 1..9430 /organism="Lactococcus sp." /strain="MG1234" /mol_type="genomic DNA" |
| unsure | Автор не уверен в точности последовательности в данной области. | 11..15 /replace="" |