| Главная страница |
В таблице представлены несколько достоверных находок:
| Организм | Ген | Total score | Query cover | E value | Ident |
| Polycirrus medusa | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 1034 | 100% | 0.0 | 99% |
| Polycirrus phosphoreus | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 740 | 99% | 0.0 | 89% |
| Polycirrus carolinensis | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 601 | 100% | 4e-168 | 83% |
| Terebellidae sp. | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 590 | 99% | 7e-165 | 83% |
| Amphitrite cirrata | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 572 | 99% | 2e-159 | 82% |
| Neoamphitrite robusta | cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial | 569 | 94% | 2e-158 | 83% |
Все найденные виды принадлежат к кольчатым многощетинковым морским сидячим червям отряда Terebellida.
Таксономия:
Lophotrochozoa
- Annelida
- - Polychaeta
- - - Terebellida
( - - - Terebellidae
- - - - - Polycirrus – для трех лучших)
Некоторые виды:
Выравнивание входной последовательности с находками с помощью программы mafft.
Во всех последовательностях находок были обрезаны первые 80 нуклеотидов (те, которые не были корректно отображены на хроматограммах).
Далее было проведено сравнение трех алгоритмов BLAST в пределах отряда:
| Алгоритм | Число находок | E-value для худшей находки | Сходство для худшей находки |
| blastn | 650 | 5.8 | 94% |
| megablast | 14 | 2e-35 | 74% |
| discontiguous megablast | 648 | 0.001 | 72% |
Алгоритм megablast нашел значительно меньше (примерно в 46 раз) находок, а вот blastn и discontiguous megablast по числу находок почти не отличаются.
Megablast можно использовать только для поиска очень близких гомологов, так как этот алгоритм ищет затравку длиной 28 нуклеотидов (остальные - 11).
Blastn находит любые гомологи, но так как поиск производился в пределах не очень большой таксономической группы, то почти все они нашлись и discontiguous megablast, который ищет близких гомологов и не пропускает находки с большими E-value.
Alvinella caudata mariner-like transposon Alvcmar1.11 – самая худшая находка blastn не не найдена другими, мне кажется, что эта находка лишняя, транспозон явно не гомолог остальным белкам, которые являются цитохром c-оксидазами.
Также только blastn нашел Ctenodrilus serratus isolate 3 (а также 2 и 6) internal transcribed spacer, которые также лишние.
Среди находок discontiguous megablast нет никаких некодирующих участков генома, этот алгоритм более строгий.
Так как найдено четыре гена (вероятно, их больше) уникальных для blastn, а общее число находок превосходит число находок discontiguous megablast на 2, то существуют какие-то находки, полученные алгоритмом discontiguous megablast, но не blastn. Это может объяснятся тем, что при поиске используются различные паттерны.
Далее я проверяла наличие гомологов пяти белков в геноме собаки (Canis lupus familiaris).
HSP7C_HUMAN
Белок теплового шока. Тормозит активацию транскрипции, подавляя деятельность CITED1. Компонент комплекса PRP19-CDC5L, который требуется для активации сплайсинга пре-мРНК., может исполнять структурные функции в сплайсосоме. Участвует в LPS-индуцированной воспалительной реакции. Участвует в ER-связанной деградации.
TERT_HUMAN
Теломераза – фермент, необходимый для удлинения теломер у большинства эукариот. Активнен в стволовых и раковых клетках, малоактивнен в нормальных соматических клетках. Играет важную роль в старении и апоптозе.
CISY_HUMAN
Цитратсинтаза – катализирует реакцию: Ацетил-CoA + оксалоацетат + H2O = цитрат + CoA
RPB1_HUMAN
ДНК-зависимая РНК-полимераза II типа осуществляет транскрипцию, производит предшественников мРНК, мяРНК, миРнк.
PABP2_HUMAN
Полиаденилат-связывающий белок 2. Участвует в 3'-концевом формировании пре-мРНК, добавляя поли (А)-хвост. Способствует экспорту РНК из ядра и трансляции, в то же время подавляя её деградацию.
| Белок | Число хороших находок | Лучшая находка | Query cover для лучшей находки | E value для лучшей находки | Ident для лучшей находки |
| HSP7C_HUMAN | 8 | PREDICTED: Canis lupus familiaris heat shock 70kDa protein 8 (HSPA8), mRNA | 94% | 0.0 | 94% |
| TERT_HUMAN | 1 (это единственная находка) | Canis lupus familiaris telomerase reverse transcriptase (TERT), mRNA | 87% | 0.0 | 72% |
| CISY_HUMAN | 3 | PREDICTED: Canis lupus familiaris citrate synthase (CS), transcript variant X3, mRNA | 97% | 0.0 | 97% |
| RPB1_HUMAN | 1 | PREDICTED: Canis lupus familiaris polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide A, 220kDa (POLR2A), mRNA | 81% | 0.0 | 95% |
| PABP2_HUMAN | 2 | Canis lupus familiaris poly(A) binding protein, nuclear 1 (PABPN1), mRNA | 63% | 7e-112 | 86% |
Хорошими находками считались первые несколько находок, которые значительно отличались от последующих по своим параметрам.
Те находки, которые не содержат в названии “PREDICTED”, аннотированы, это лучшие находки для TERT_HUMAN и PABP2_HUMAN. Так же аннотированная одна из находок для HSP7C_HUMAN, но не лучшая из них. Неаннотированные находки – это автоматически созданные варианты транскрипции.
Для классификации были выбраны фаги энтеробактерий, принадлежащие к группе Siphoviridae:
Enterobacteria phage lambda
Enterobacteria phage T1
Enterobacteria phage cdtI
Enterobacteria phage phi80
Enterobacteria phage Chi
У этих вирусов большие геномы (50000-60000 пн), сложные для анализа. Хотя, возможно, это хорошо, так как для больших геномов легче проследить родство по сходным участкам.
С помощью tblastn я сравнила все геномы со всеми и использовала скрипт с разными параметрами длины выравнивания и процента идентичности.
Таблица с результатами.
Самые слабые условия: длина 40, процент идентичности 50. С такими параметрами нашлось 332 результата, среди них:
Enterobacteria phage lambda - 268
Enterobacteria phage T1 – 33, причем 9 раз против самого себя – видимо, этот вирус имеет в геноме достаточно длинные повторы
Enterobacteria phage cdtI - 171
Enterobacteria phage phi80 - 185
Enterobacteria phage chi - 7 – 6 из них против cdtI, но я считаю, что такое маленькое количество находок не свидетельствует о близком родстве
Для трех вирусов, встречающихся в находках наиболее часто:
Если смотреть на находки по мере ослабления условий, то можно видеть, что вначале появляются находки lambda против cdtI (больше) и lambda против phi80, а дальше уже появляются cdtI против phi80.
На основании данных из таблицы можно говорить, что lambda, cdtI и phi80 довольно близкие виды. Lambda, скорее всего, общий предок cdtI и phi80, причем phi80 отделился раньше (или просто быстрее эволюционировал). Chi, скорее всего, не является близким родственником остальных вирусов.
T1, вероятно, тоже не близкий родственник. Из прочих вирусов он ближе всего к phi80, также имеется его сравнение с lambda (что является слабым свидетельством в пользу предположения, что lambda – общий предок).