| Главная страница |
Отнесение белка к терминам GO
Для начала я взяла белок бифункциональной дезацителазы и дегидротазы из бактерии Flavobacterium branchiophilum. Но в ближайший гомолог в базе данных недостаточно похож на него. Ближайший гомолог – деацителаза из Coxiella burnetii. Это очень сильно различающиеся бактерии: по данным Taxonomy browser они расходятся еще на уровне типа, сами белки также отличаются и по названиям, и по выполняемым функциям.Поэтому для дальнейшего анализа я использовала аквопорин Z из Escherichia coli. B базе данных нашелся такой белок, P-value 3.4e-93, в найденной последовательности отсутствует три фрагмента.
Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P60844:
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0009992 | cellular water homeostasis | водный гомеостаз клетки | IMP |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0015793 | glycerol transport | транспорт глицерина | IBA |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0034220 | ion transmembrane transport | ионный трансмембранный транспорт | IBA |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0006970 | response to osmotic stress | ответ на осмотический стресс | IEP, IMP |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0055085 | transmembrane transport | трансмембранный транспорт | IEA |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0006833 | water transport | транспорт воды | IEA, IDA, IMP |
| Клеточный компонент (cellular component ) | GO:0016021 | integral component of membrane | интегральный компонент мембраны | IEA, IDA |
| Клеточный компонент (cellular component ) | GO:0005887 | integral component of plasma membrane | интегральный компонент плазматической мембраны | IBA, IDA, ISM |
| Клеточный компонент (cellular component ) | GO:0016020 | membrane | мембрана | IEA |
| Клеточный компонент (cellular component ) | GO:0005886 | plasma membrane | плазматическая мембрана | IBA |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0015254 | glycerol channel activity | активность глицеринового канала | IBA |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0042802 | identical protein binding | связывание белков | IDA |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0005515 | protein binding | связывание идентичных белков | IPI |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0005215 | transporter activity | транспортерная активность | IEA |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0015250 | water channel activity | активность водного канала | IEA, IDA, IMP |
Описание кодов достоверности:
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| IMP | Inferred from Mutant Phenotype | код присваевается на основании экспериментальных данных о мутантах |
| IBA | Inferred from Biological aspect of Ancestor | код присваевается на основании данных, полученных с помощью компьютерной обработки, построения филогенетической модели |
| IEP | Inferred from Expression Pattern | код присваевается на основании экспериментальных данных об уровнях экспрессии |
| IEA | Inferred from Electronic Annotation | код присваевается автоматически, без кураторов |
| IDA | Inferred from Direct Assay | код присваевается на основании прямого анализа |
| ISM | Inferred from Sequence Model | код присваевается на основании данных, полученных с помощью компьютерной обработки последовательностей |
| IPI | Inferred from Physical Interaction | код присваевается на основании экспериментальных данных об взаимодействиях (иммуноприципитация и т.д.) |
Из таблицы можно, узнать о локализации белка: интегральный компонент плазматической мембраны, о его функциях: транспорт воды и глицерина. Любопытно, что белок вовлечен в ионный транспорт, но подобной активностью не обладает. Сначала я не поняла, что это за функция – связывание идентичных белков, и почему ее надо выделять отдельно. Но из статей стало ясно, что речь идет об образовании олиго- или полимеров (в данном случае - тетрамера).
Описание термина cellular water homeostasis (GO:0009992) - водный гомеостаз клетки
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0009992 |
| Название (Name) | клеточный водный гомеостаз (cellular water homeostasis) |
| Аспект онтологии (Ontology) | биологический процесс (Biological Process) |
| Синонимы (Synonyms) | клеточная осморегуляция(cellular osmoregulation) |
| Определение (Definition) | процесс, поддерживающий содержание воды в клетке на постоянном уровне |
| Число родителей (из них - логически определенных) | 17 (14) |
| Число потомков (из них - логически определенных) | 0(0) |
Отношения показаны в виде графа:
Все кроме одной связи – связи is a, одна связь occurs in показывает, что клеточный гомеостаз происходит в клетке.
Клеточный водный гомеостаз – разновидность водного, клеточного химического, просто клеточного и просто химического, которые, в свою очередь, относятся к процессам гомеостаза… это неинтересная и тривиальная часть графа.
Гораздо больше меня заинтересовало то, что клеточный водный гомеостаз – часть гомеостаза объема клетки, который является частью гомеостаза размера. Совсем неочевидно, что это два разных процесса и относятся друг к другу именно таким образом.
Немного странно, что есть индивидуальные клеточные процессы, но нет процессов, зависящих от группы клеток, на мой взгляд, такое понятие могло бы быть связано, например, с регуляцией численности клеток.