| Главная страница |
Рис.1 Геномное окружение гена Pcar_0365.
У всех организмов сразу после данного гена (1) по две копии транспортерных гена 2, у Acidiphilium cryptum два гена слились в один, кроме того, на некотором расстоянии есть еще одна копия.
У половины - до гена Pcar_0365 расположен ген 3, кодирующий белок насоса на наружной мембране, у Anaeromixobacter dehalogenars ген 3 находится после генов 1 и 2.
У Pelobacter carbinolicus в окрестностях гена Pcar_0365 находятся гены 4 и 5 – эту же комбинацию можно наблюдать у Acidiphilium cryptum.
Среди представленных организмов все бактерии относятся к протеобактериям, кроме Bacteroides fragilis и Chitinophaga pinensis, которые относятся к Bacteroidetes. Несмотра на это, обе бактерии имеют ген 3 и два гена 2.
Я предположила, что наличие гена 3может быть как-то связано с аэробностью/анаэробностью бактерии:
Pelobacter carbinolicus, Bacteroides fragilis, Syntrophus aciditrophicus, Dechloromonas Aromatica имеют этот ген перед геном 1 и являются облигатными (в основном) или факультативными анаэробами.
Не имеют гена 3 аэробные бактерии Acidiphilium cryptum, Anaeromixobacter dehalogenars, Oceanicaulis alexandrii.
Из этой теории выбиваются Anaeromixobacter dehalogenars – аэробная бактерия, которая также имеет этот ген (не до, а после 1), аэробная Chitinophaga pinensis (систематически далеко от остальных) и анаэробная Shewanella frigidimarin.
На сайте DOOR был найден оперон, в который входит ген Pcar_0365: это оперон 146895, в него входят гены, показанные в таблице 1 и на рисунке 2.
| Pcar_0362 | гипотетический белок |
| Pcar_0363 | гипотетический белок |
| Pcar_0364 | белок наружной мембраны канала (tolC) |
| Pcar_0365 | белок слияния мембраны (macA принадлежит к подобным белкам) (hlyD) |
| Pcar_0366 | АТФаза ABC-транспортера PHNL (phnL) |
| Pcar_0367 | пермеаза ABC-транспортера |
Рис.2. Оперон с геном Pcar_0365.
В SEED нашлись последние четыре белка, однако гены Pcar_0366 и Pcar_0367 были показаны одним цветом, вероятно, они произошли в процессе дупликации. Pcar_0365, Pcar_0366 и Pcar_0367 нашлись у всех бактерий, Pcar_0364 – у половины.
Почему-то названия белков указаны только для трех из них.
В базе KEGG есть две карты с участием продукта этого белка.
Первая – путь заражения коклюшем, но рассматриваемая бактерия не патогенна и не вызывает этого заболевания.
Вторая – система секреции у грамотрицательных бактерий (Рис.3).
Рис.3 Система секреции у грамотрицательных бактерий.
Все три белка из консервативного геномного окружения входят в состав оперона: показаны красным контуром, заданный белок показан желтой заливкой.
Белки, кодируемые опероном, работают в комплексе и осуществляют транспорт по типу I (Рис.4).
Рис.4 Комплекс, осуществляющий секрецию по типу I.
Итоговая таблица:
| Идентификатор | Pcar_0365 |
| Название гена | hlyD |
| Организм | Pelobacter carbinolicus |
| Функция белка | периплазматическая часть секреционного комплекса |
| Система KEGG, в которую он входит | map03070 |
| Номер оперона | 146895 |
| Белки, кодируемые в том же опероне | tolC, hlyB |