| Седьмой семестр |
| Главная страница |
Взаимодействие с белками из соседних ячеек
Кристаллографические характеристики структуры 2xh2:CRYST1 64.720 82.540 95.610 89.41 71.31 84.80 P 1 4
Первые три числа обозначают длины направляющих векторов кристалла в ангстремах, следующие три числа – углы между ними. Кристалл принадлежит к группе симметрии P 1. В ячейке четыре молекулы, белок является димером, то есть в ячейке лежат две нативные структуры.
Рис.1 Элементарная ячейка с четырьмя молекулами
Рис.2 Элементарная ячейка с окружающими молекулами
Рис.3 Несколько ячеек с разных ракурсов
На рисунке 4 показаны остатки, которые могли бы образовывать водородные связи между цепью С и цепью D из соседней ячейки, единственно возможная водородная связь между кислородом лизина 78 и азотом аланина 100. Маловероятно, что в естественных условиях эти цепи взаимодействуют друг с другом.
Рис.4 Возможное взаимодействие цепей С и D из разных ячеек
Для сравнения на рисунке 5 показаны те же цепи С и D из одной ячейки, которые образуют димерный белок.
Рис.5 Взаимодействие цепей С и D из одной ячейки
Расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса 3hdd
В этом комплексе две белковые молекулы, одна из которых находится слишком близко к краю ДНК.
Рис.6 Одна ячейка ДНК-белкового комплекса
При восстановлении соседних ячеек становится понятно, что ДНК продолжается в соседней ячейке и белки взаимодействуют не только с частью ДНК из своей ячейки, но и из соседних.
Рис.7 Несколько ячеек ДНК-белкового комплекса
Примеры PDB файлов, ассиметрические единицы которых не совпадают с биологической единицей
Ассиметрическая единица – комплекс молекул, образующийся в элементарной ячейке кристалла, а биологическая единица – комплекс молекул, который образуется для выполнения биологических функций.Примером может служить уже ранее рассмотренная структура 2xh2 – белок является димером, но в элементарной ячейке лежит четыре молекулы. То есть ассиметрическая единица включает четыре молекулы, биологическая – две.
Еще один похожий пример – структура 3k03, димерный канал калия, а в элементарной ячейке находится целых 16 молекул.
Рис.8 Элементарная ячейка 3k03 (биологические единицы раскрашены разными цветами)