| Седьмой семестр |
| Главная страница |
Текстовая выдача программы, графическая выдача представлена на рисунке 2.
Рис.1
Структура 1W8L, раскраска по элементам вторичной структуры.
Рис.2
Графическая выдача сервиса Stride.
В PDB файле структуры есть информация о наличии трех спиралей и восьми тяжей (рис. 3).
Рис.3
Информация о вторичной структуре из PDB файла.
В выдаче Stride, в отличие от PDB файла, есть разделение на альфа-спирали (30-41 и 136-144 остатки) и 3-10 спираль (120-122). Все они отличаются по границам на ±1 аминокислоту от приведенных в PDB файле.
Бета-тяжи практически все совпадают по границам, кроме 97-102 и 108-115, которые отличаются на 2 и 4 аминокислоты соответственно. Кроме того, в PDB файле не указан слишком короткий бета-участок из двух аминокислот.
Я думаю что небольшие несовпадения границ вторичных структур происходят из-за различных критериев их выделения, но сильное отличие для бета-тяжа 108-115 довольно странное, тем более, что если посмотреть на структуру (рис.4), видно, что 108 остаток лежит на неструктурированной петле вдали от других бета-тяжей.
Рис.4
Структура 1W8L, раскраска по элементам вторичной структуры; выделен остаток 108.