Нахождение гидрофобных кластеров

При помощи сервиса CluD для белка циклофилина А (1W8L) были найдены гидрофобные кластеры. При пороге расстояния 6 A находится всего одно гидрофобное ядро (рис. 1), при снижении порога расстояния, количество кластеров увеличивается: 4 кластера для расстояния 5,5 А (рис.2), 8 кластеров для расстояния 4,5 А (рис.3). В любом случае, гидрофобные кластеры занимают практически весь объем белка, а новые кластеры, выделяющиеся при уменьшении порога расстояния, содержат довольно мало остатков.


Рис.1 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 6 А.	Рис.2 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 5.5 А.	Рис.3 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 4.5 А.

Можно посмотреть на два наибольших кластера при пороге 4,5 А (рис.5). Эти два кластера разделены бета-листом. Но я все равно считаю, что этот белок содержит один домен с одним гидрофобным кластером.

Рис.4
Наибольшие гидрофобные кластеры при пороге расстояния 4,5 А.

Такой же анализ был проведен для ДНК-белкового комплекса 3hdd. Уже при пороге 6 A выделилось 7 кластеров (рис.6). В самом большом кластере объединились ДНК и белок, то есть для этой структуры порог слишком высокий. При пороге 5 A выделяются 6 кластеров: четыре принадлежат ДНК, два – белкам (рис.7). При пороге 4А выделяются 27 кластеров (рис.8), кластеры более сосредоточены на границе контакта белка с ДНК.


Рис.5 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 6 А.	Рис.6 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 5.5 А.	Рис.7 Гидрофобные кластеры при пороге расстояния 4.5 А.