На главную страницу первого семестра 3D

Описание пространственной структуры TRUB_ECOLI по данным банка PDB, код 1k8w

В состав комплекса молекул, содержащихся в PDB-файле 1k8w входят:

  • полипептидная цепь;
  • РНК, содержащая FHU (модифицированное основание РНК — псевдоуридин (C9H14FN22O 10P));
  • 10 ионов SO42-;
  • 259 молекул H2O.
    •
    На рисунке изображена 3D-структура моего белка. Зелёным цветом обозначена цепь РНК, синим — полипептидная цепь, жёлтым — FHU, а красным — ионы SO4 2-. 
    load H:\Term1\CreditWorks\Credit2\1k8w.pdb
script H:\Term1\CreditWorks\Credit2\1k8w.def
restrict none
select all
color chain
backbone 80
select cont_chainA_RNA 
color yellow
select AA1 
color red
select AA2
color red
pause
    		Данная часть скрипта отвечает за изображение 3D-структуры моего белка. 
    restrict none
select all
backbone  
select protein
color cyan
select cont_chainA_RNA
color yellow
select AA1 
color red
select AA2
color red
center u409:b.o4 
zoom 1000
select u409
wireframe 50
select lys130
wireframe 50
select lys130:a.nz     
cpk 150
color red
label on
select u409:b.o4
cpk 150
color blue
label on
bond 2583 928 +
    		 Эта часть скрипта генерирует изображение, показывающее взаимодействие аминокислотного остатка 130 лизина с молекулой РНК. 
                                        
pause
restrict none
select all
backbone  
select protein
color cyan
select cont_chainA_RNA
color yellow
select AA1 
color red
select AA2
color red  
select lys135
wireframe 50
select u414
wireframe 50
center lys135:a.nz
zoom 1000
select lys135:a.nz
cpk 150
color red
label on
select u414:b.o2p
cpk 150
color blue
label on
bond 2675 968 +
    		 Эта часть скрипта отвечает за изображение взаимодействия аминокислотного остатка 135 лизина с молекулой РНК. 
    pause
restrict none
select all
backbone  
select protein
color cyan
select cont_chainA_RNA
color yellow
select AA1 
color red
select AA2
color red  
select c411
wireframe 50
select asp90
wireframe 50
center asp90:a.od1 
zoom 1000
select asp90:a.od1
cpk 150
color red
label on
select c411:b.n4
cpk 150
color blue
label on
bond 2625 627 +
    		 Этот скрипт демонстрирует взаимодействие аминокислотного остатка 90 аспарагиновой кислоты с молекулой РНК. 
     
pause
restrict none
select all
backbone  
select protein
color cyan
select cont_chainA_RNA
color yellow
select AA1 
color red
select AA2
color red  
select 130A
wireframe 50
select G408
wireframe 50
center lys130:a.n
zoom 1000
select  lys130:a.n
cpk 150
color blue
label on
select G408:b.o2p
cpk 150
color red
label on
bond 920 2545 +
    		 Эта часть скрипта генерирует изображение, показывающее взаимодействие аминокислотного остатка 130 лизина с молекулой РНК. 
    pause
restrict none
select all
backbone  
select protein
color cyan
select protein
color cyan
select cont_chainA_RNA
color yellow
wireframe 50
select AA1 
color red
select AA2
color red  
select lys130:a.nz     
cpk 150
color red
select u409:b.o4
cpk 150
color blue
bond 2583 928 +
select lys135:a.nz
cpk 150
color red
select u414:b.o2p
cpk 150
color blue
bond 2675 968 +
select asp90:a.od1
cpk 150
color red
select c411:b.n4
cpk 150
color blue
bond 2625 627 +
select  lys130:a.n
cpk 150
color blue
select G408:b.o2p
cpk 150
color red
bond 920 2545 +
select u409
wireframe 50
select u414
wireframe 50
select c411
wireframe 50
select G408
wireframe 50
zoom 100
    		 Данный скрипт демонстрирует взаимодействия между молекулой РНК и полипептидной цепью моего белка.

    На главную страницу первого семестра

    © Армаш Татьяна,2004