Глобальное выравнивание

• Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
  • Последовательность, состоящая из первых 4-ёх остатков TRUB_ECOLI:
    MSRP
  • Последовательность, полученная из первой путём замены 2-ого (S) и 4-ого (P) аминокислотных остатков на остаток лейцина (L) и серина (S), соответственно, и вставки между 3-им и 4-ым аминокислотными остатками аланина (А):
    MLRAS

• Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
  • Вес совпадения = 2
  • Вес замены = -1
  • Штраф за делецию = -2

• Матрица переходов:

• Выравнивание, соответствующие оптимальному пути:

             
   MSR-P
    |                 
   MLRAS                                           

• Вес оптимального пути — 0

• Последовательности, для которых строилась матрица переходов:
  • Последовательность, состоящая из первых 9-ти остатков TRUB_ECOLI:
    MSRPRRRGR
  • Последовательность, состоящая из 2, 3, 7, 8 и 9 аминокислотных остатков TRUB_ECOLI (А):
    SRRGR

• Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
  • Вес совпадения = 2
  • Вес замены = -1
  • Штраф за делецию = -2

• Матрица переходов:

• Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:

Вид выравнивания	Каким цветом выделено на матрице переходов	Выравнивания	Вес пути
Оптимальное	Голубым	s1: 6-9 RRGR s2: 2-5 RRGR	8
Субоптимальное	Жёлтым	s1: 2-3 SR s2: 1-2 SR	4

Влияние параметров на глобальное выравнивание

• Последовательности, для которых строились глобальные выравнивания с помощью программы needle при разном наборе параметров:
  • Последовательность белка TRUB_ECOLI.
  • Искусственно созданная последовательность, склеенная из двух небольших (12 букв каждый) участков аминокислотной последовательности TRUB_ECOLI.

• Параметры, при которых были построены выравнивания:

а) Для первого выравнивания: Штраф за открытие делеции — 10 Штраф за продолжение делеции — 1

б) Для второго выравнивания: Штраф за открытие делеции — 1 Штраф за продолжение делеции — 1

• Глобальные выравнивания:

Первое выравнивание:

Второе выравнивание:

1 MSRPRRRGRDINIYLRRLAVSKYP 24 ||||||||||||..| :...| TRUB_ECOLI 1 MSRPRRRGRDINGVL----LLDKPQGMSSNDALQKVKRIYNANRAGHTGA 46 25 24 TRUB_ECOLI 47 LDPLATGMLPICLGEATKFSQYLLDSDKRYRVIARLGQRTDTSDADGQIV 96 25 24 TRUB_ECOLI 97 EERPVTFSAEQLAAALDTFRGDIEQIPSMYSALKYQGKKLYEYARQGIEV 146 25 24 TRUB_ECOLI 147 PREARPITVYELLFIRHEGNELELEIHCSKGTYIRTIIDDLGEKLGCGAH 196 25 24 TRUB_ECOLI 197 VIYLRRLAVSKYPVERMVTLEHLRELVEQAEQQDIPAAELLDPLLMPMDS 246 25 24 TRUB_ECOLI 247 PASDYPVVNLPLTSSVYFKNGNPVRTSGAPLEGLVRVTEGENGKFIGMGE 296 25 24 TRUB_ECOLI 297 IDDEGRVAPRRLVVEYPA 314

1 MSRPRRRGRDIN-IYLRRLAVSKYP 24 |||||||||||| : | | :.| | TRUB_ECOLI 1 MSRPRRRGRDINGV-L--L-LDK-PQGMSSNDALQKVKRIYNANRAGHTG 45 25 24 TRUB_ECOLI 46 ALDPLATGMLPICLGEATKFSQYLLDSDKRYRVIARLGQRTDTSDADGQI 95 25 24 TRUB_ECOLI 96 VEERPVTFSAEQLAAALDTFRGDIEQIPSMYSALKYQGKKLYEYARQGIE 145 25 24 TRUB_ECOLI 146 VPREARPITVYELLFIRHEGNELELEIHCSKGTYIRTIIDDLGEKLGCGA 195 25 24 TRUB_ECOLI 196 HVIYLRRLAVSKYPVERMVTLEHLRELVEQAEQQDIPAAELLDPLLMPMD 245 25 24 TRUB_ECOLI 246 SPASDYPVVNLPLTSSVYFKNGNPVRTSGAPLEGLVRVTEGENGKFIGMG 295 25 24 TRUB_ECOLI 296 EIDDEGRVAPRRLVVEYPA 314

Штраф за продолжение делеции во всех двух выравниваниях одинаков (равен 1), программа, выполнившая выравнивания та же (needle). Различие состоит лишь в штрафе за открытие делеции. Это различие в свою очередь влияет на выравнивания, а именно на количество открытых делеций. При большем значении штрафа за открытие делеции наблюдается меньшее количество открытых делеций. Так, в первом выравнивании всего лишь одна открытая делеция, тогда как во втором выравнивании — две. Эта зависимость связана с тем, что при большом значении штрафа за открытие делеции и при большом количестве открытых делеций вес выравнивания был бы очень маленьким.

На главную страницу второго семестра.

© Армаш Татьяна,2005