На главную страницу второго семестра Консервативные аминокислотные остатки потенциальных ортологов TRUB_ECOLI

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов TRUB_ECOLI

Матрица попарного сходства (% совпадения) последовательностей моей выборки:

Ниже приведена матрица, в которой на пересечении названий (ID) двух белков стоит процент сходства последовательностей данных белков. 

                TRUB_YERPE   TRUB_YEREN   TRUB_PHOLL   TRUB_VIBPA   TRUB_VIBCH   TRUB_PHOPR   TRUB_PASMU   TRUB_HAEIN   TRUB_HAEDU   TRUB_BUCAI 

  TRUB_YERPE          100%                                                                                                                     

  TRUB_YEREN           84%         100%                                                                                                        

  TRUB_PHOLL           70%          68%         100%                                                                                           

  TRUB_VIBPA           61%          59%          63%         100%                                                                              

  TRUB_VIBCH           60%          60%          64%          81%         100%                                                                 

  TRUB_PHOPR           56%          55%          59%          72%          72%         100%                                                    

  TRUB_PASMU           52%          51%          53%          53%          55%          52%         100%                                       

  TRUB_HAEIN           54%          52%          50%          52%          52%          49%          75%         100%                          

  TRUB_HAEDU           54%          54%          53%          53%          53%          51%          71%          67%         100%             

  TRUB_BUCAI           43%          42%          47%          44%          44%          42%          40%          41%          42%         100%

Множественное выравнивание потенциальных ортологов:

                                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0              
T R U B _ Y E R P E   :   M G R P R R R G R D I N G V L L L D K P L G L S S N D V L Q K V K R L F S A N R A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V V A R   :     8 1
T R U B _ Y E R E N   :   M G R P R R R G R D I N G V L L L D K P L G L S S N D V L Q K V K R L F S A N R A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V V A R   :     8 1
T R U B _ P H O L L   :   - M G R H R R G R D I H G V L L L D K P Q D I S S N D A L Q K V K R I F N A S K A G H T G A L D P L A T G M L P V C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V I A R   :     8 0
T R U B _ V I B P A   :   - M A R R R K G R P I N G V I L L D K P T G I S S N D A L Q K V K R I Y F A E K A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V I A K   :     8 0
T R U B _ V I B C H   :   - M A R R R K G R V I H G V I L L D K P T G I S S N D A L Q K V K R L Y G A E K A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V I A K   :     8 0
T R U B _ P H O P R   :   - M A R R R K G R P I D G V I L L D K P T G I T S N D T L Q K V K R I F F A Q K A G H T G A L D P L A T G M L P I C F G E A T K F S Q F L L D S D K R Y R V I A K   :     8 0
T R U B _ P A S M U   :   M A K P R K R G R D I D G V F L L D K P Q G M S S N D I M Q K V K R V F Q A N K A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D A D K R Y Q V T A K   :     8 1
T R U B _ H A E I N   :   M S R P R K R W R D V D G V F L L D K P Q G M S S N D I M Q K V K R L F Q A N K A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D A D K R Y L V T A K   :     8 1
T R U B _ H A E D U   :   M A R P K K K G R D I H G V F L L D K P Q G M S S N E V L Q K V K R F Y Q A N K A G H T G A L D P L A T G M L P I C L G E A T K F S Q F L L D S D K R Y I V T A K   :     8 1
T R U B _ B U C A I   :   - - M F F H K K R D V H G L L L L D K P Q G I S S N N A L Q K V K M L F S A K K A G Y I G T L D P L A T G M L P I C F G E C S K F S H Y L M E S N K K Y H V I A K   :     7 9
                                      4 g R   6   G 6   L L D K P   g 6 3 S N     6 Q K V K r   5   A   4 A G h t G a L D P L A T G M L P 6 C l G E a 3 K F S q 5 L 6 d s 1 K 4 Y   V   A 4            
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
T R U B _ Y E R P E   :   L G Q R T D T S D A E G A L I S E R E V N L T Q A Q I D T A L E S F R G E S Q Q I P S M Y S A L K H Q G K P L Y E Y A R Q G I E V E R E A R S I T V Y E L L F I R   :   1 6 2
T R U B _ Y E R E N   :   L G Q R T N T S H A E G A L I S E R E D I C H T G T D D A A L D S H R G S S Q Q V P S M Y S A L K H Q G K P L Y E Y A R Q G I E V D R E A R S I T V Y E L L F I R   :   1 6 2
T R U B _ P H O L L   :   L G Q R T D T S D S H G Q I I S E R A I Q L S Q V Q L D A A L D K F R G D T M Q I P S M Y S A L K Y Q G K P L Y E Y A R Q G I E V E R E A R P I T V Y E L Q F I R   :   1 6 1
T R U B _ V I B P A   :   L G E R T N T S D S D G E V V E T R P V D V T L E K L E A C I E K F R G E S D Q V P S M F S A L K Y Q G K P L Y E Y A R K G I E V P R E S R K I T V Y E I I L H R   :   1 6 1
T R U B _ V I B C H   :   L G E R T D T S D S D G Q V V Q T R P V H V D Y D T L L A C I A K F R G E T D Q V P S M F S A L K Y Q G R P L Y E Y A R Q G I E V P R E A R K I T V Y E I E L H R   :   1 6 1
T R U B _ P H O P R   :   L G E R T N T S D S D G E V V E T R E V K V D R G Q L E R C I A K F R G T T D Q I P S M F S A L K Y Q G R P L Y E Y A R E G I E I P R E S R K I T V H S I E L L R   :   1 6 1
T R U B _ P A S M U   :   L G E R T D T S D A E G Q V V E T R D V Q V D V Q D I L A A L P H F R G N L M Q V P T M F S A L K H Q G K P L Y E Y A R A G I T V E R E A R P I T I F D L Q F I A   :   1 6 2
T R U B _ H A E I N   :   L G E R T D T S D A E G Q V V E T R E V N L E T Q Q I L T A L E Q F R G D I L Q V P T M F S A L K H N G K P L Y E Y A R Q G I T V E R E A R P I T I F E L N F I E   :   1 6 2
T R U B _ H A E D U   :   L G E R T D T S D A E G E L V E S R E V S L T E K D I L A I L P Q F T G D L L Q V P T M F S A L K H Q G K P L Y E Y A R Q S I T I E R E A R P I T I F E L K F I S   :   1 6 2
T R U B _ B U C A I   :   L G E K T S T S D S D G I I I K K R P I L I N S F K I K S A L K E L T G L I E Q I P P M Y S A I K H N G V P L Y K Y A R Q G L N I K R S I R K V L I H D I S S I H   :   1 6 0
                          L G 2 4 T   T S d     G   6 6     R                         6     f r G       Q 6 P   M 5 S A 6 K   q G   P L Y e Y A R   g 6   6   R e   R   6 t 6     6                    
                                                                                                                                                                                                       
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                  
T R U B _ Y E R P E   :   W E G N D L E L E I H C S K G T Y I R T I I D D L G E L L G C G A H V S Y L R R L Q V A T Y P S E R M V T L E Q L T A M V E A A Q A E G R S P N P E L D S L L L P   :   2 4 3
T R U B _ Y E R E N   :   W E G N D L E L E I H C S K G T Y I R T I I D D L G E L L G C G A H V S Y L R R L Q V A T Y P S D R M V T L E Q L T A I V E T A Q A E E R S P N A E L D A L L L P   :   2 4 3
T R U B _ P H O L L   :   W E N D E L E L E I H C S K G T Y I R T I I D D L G E L L G C G A H V I Y L R R L Q V A N Y P N D R M V T L E Q L Y E L Q K Q A K D Q E I P V G E L I D S L L L P   :   2 4 2
T R U B _ V I B P A   :   F E G D E V E M E V H C S K G T Y I R T I V D D L G E M L G C G A H V T M L R R T A V A K Y P Y E K M V T L E Q L N E L L E Q A H R E E I A P R E L L D P L L M P   :   2 4 2
T R U B _ V I B C H   :   F E G D E V E M E V H C S K G T Y I R T I V D D L G E M L G C G A H V T M L R R V G V A N Y P Y E R M V T L E Q L N A L V E Q A H R D E K A V A D V L D P L L L P   :   2 4 2
T R U B _ P H O P R   :   F E G H E V E M E V H C S K G T Y I R T I T D D L G E M L G C G A H V V Y L R R T G V S D Y P M E N V V T L E Q L Q A L R D Q A I E Q G I E P G E L L D P L L L P   :   2 4 2
T R U B _ P A S M U   :   Y D A P Y L T L E V H C S K G T Y I R T L V D D L G E Y L G C G A H V T V L R R T A V A N Y P V E A M M N W D T L Q V L A A Q Q D - - - - - - L A L L D Q H L L P   :   2 3 7
T R U B _ H A E I N   :   Y N A P F L T L E V H C S K G T Y I R T L V D D L G E V L G C G A H V T M L R R T A V A D Y P V A E M M P I N E L Q L L A E S F P - - - - - - L S E L D R L L L P   :   2 3 7
T R U B _ H A E D U   :   Y E A P Y L T L E V H C S K G T Y I R T L I D D L G E K L G C G A H V A I L R R L A V A D Y P A D A M M N Y A S L Q H L S E T E A - - - - - - L E V L D E Y L L P   :   2 3 7
T R U B _ B U C A I   :   Q E K N L I E F K I F C S K G T Y V R T L V E D L G E K L G C G A H V I F L R R L E M A S Y L H S Q L V T I S Y L H K L L R K E K N N N F N F F E K I D N L L M P   :   2 4 1
                            e       6     e 6 h C S K G T Y 6 R T 6   d D L G E   L G C G A H V     L R R     6 a   Y p       6 6         L     6                             6 D   l L 6 P            
                                                                                                                                                                                                       
                                      *               2 6 0                   *               2 8 0                   *               3 0 0                   *               3 2 0                    
T R U B _ Y E R P E   :   M D S A V L N F P E V N L L P S V A A Y V K Q G Q P V H V S G - - A P S E G M V R I T E G K E R N F I G I G T I A E D G R V A P K R L V V E S V E V E N L P V E N   :   3 2 2
T R U B _ Y E R E N   :   M D S A V L N F P E V N L L P T V A A Y V K Q G Q P V H V A G - - A P G E G M V R I T E G E E R N F I G I G T I A E D G A L H R N A W L - - - - - - - - - - - - -   :   3 0 9
T R U B _ P H O L L   :   M D S A I A H F P E V N L I P V V A A Y F K Q G Q A V R S A K S P A L V E S M V R V T E G D E R K F I G I A V I N D D G L V A P R R L V V E S R D - - - - - - - -   :   3 1 5
T R U B _ V I B P A   :   M D T A V E D L P E V N L I P E L A D M V Q H G Q P V Q V L G A P E Q G - - F L R L T M G E E H L F I G V G E M N D D G K I A P K R L V V F R D E E - - - - - - -   :   3 1 4
T R U B _ V I B C H   :   M D T A V E A L P E V N V I P E L M T L I Q H G Q A V Q V S G A P S D G - - M V R I T G G E Q K L F L G V G E I D D N G K V A P K R L V V Y G E - - - - - - - - -   :   3 1 2
T R U B _ P H O P R   :   T D S A V Q D L P E A N V T V E G G D A I L H G Q P V K A S Q L P E Q G T - L V R I T V G E Q R D F I G I G E I D Q N N M V A P K R V M A N K Q D E A - - - - - -   :   3 1 6
T R U B _ P A S M U   :   T D S A V S A L P A L H L N Q E Q S K A I S F G Q R V K F D N P T Q L T G - - Q V R L F S D T Q Q F L G V A L V D E H N V I R P Q R L M T Q N T - - - - - - - - -   :   3 0 7
T R U B _ H A E I N   :   T D T A V S K L P A L H L D A E Q S K A I G F G Q R V K F A N E Q Q L S G - - Q V R L F S A E N L F L G V L N R R E Y Y S P T T I N Y T I R I T S L P F L - - - -   :   3 1 2
T R U B _ H A E D U   :   V D T A V R R F P K I K L T T M Q T K A I G F G Q R V K F D N L A Q I Y G - - M V R L Y S E A D L F L G I A E I T A D N V I R P N R M V N L - - - - - - - - - - -   :   3 0 5
T R U B _ B U C A I   :   I D S P V S F L P K V Y L F P Q Q S Y N F Q L G Q T V I F F S D I K N S - - L V R V I A L E N N K F I G L G R I N T E E L L I P Y R L V S R S I N - - - - - - - -   :   3 1 2
                            D 3 a 6       P       6                     G Q   V                                             F 6 G 6                     p   r                                          
                                         
                                         
T R U B _ Y E R P E   :   K K   :   3 2 4
T R U B _ Y E R E N   :   - -   :       -
T R U B _ P H O L L   :   - -   :       -
T R U B _ V I B P A   :   - -   :       -
T R U B _ V I B C H   :   - -   :       -
T R U B _ P H O P R   :   - -   :       -
T R U B _ P A S M U   :   - -   :       -
T R U B _ H A E I N   :   - -   :       -
T R U B _ H A E D U   :   - -   :       -
T R U B _ B U C A I   :   - -   :       -
                                         

Выравнивание построено с помощью программы emma пакета EMBOSS. Эта программа — одна из реализаций ClustalW. Голубым цветом выделены абсолютно консервативные позиции, жёлтым — с консервативностью более 80%

Изображение 3D-структуры TRUB_ECOLI с отмеченными консервативными остатками

На рисунке изображён белок TRUB_ECOLI (окрашен в синий цвет) с контактирующим лигандом, а именно молекулой РНК (окрашена в зелёный цвет). Аминокислотные остатки, расположенные на расстоянии не более чем 5 ангстрем от функционального лиганда, выделены цветом (жёлтым и красным). Всего таких остатков 28. В жёлтый цвет окрашены консервативные (степень консервативности более 80%) аминокислотные остатки (26), а в красный цвет — контактирующие с лигандом, но не являющиеся консервативными. Как и ожидалось, большая часть (почти 93%) контактирующих с РНК аминокислотных остатков являетсявысоко консервативной. Это связано с тем, что замена контактирующего а. о. на сильно отличающийся от него а. о. привела бы к изменению пространственной структуры комплекса белка с лигандом, что в свою очередь нарушило бы функцию белка.

На главную страницу второго семестра

© Армаш Татьяна,2005