На главную страницу второго семестра Доменная структура белка TRUB_ECOLI

Доменная структура TRUB_ECOLI

Белки, содержащие домен TruB_N, модифицируют основания в молекуле РНК: превращают уридин в псевдоуридин. К этим белкам относятся TruB, псевдоуридинсинтетаза, которая специфично превращает уридин-55 в псевдоуридин в большинстве тРНК (к псевдоуридинсинтетазам относится TRUB_ECOLI). К этим белкам также относится Cbf5p, модифицирующий рРНК.

Слева приведена картинка с изображением доменной структуры белка TRUB_ECOLI. Зелёным прямоугольником обозначен N-концевой домен TruB_N. Голубым цветом выделен участок низкой сложности (low complexity), длиной в 10 аминокислотных остатков (с 236 по 245). Трёхцветным прямоугольником показан участок аминокислотной последовательности, аннотированный в PfamB как домен Pfam-B_17311. Его длина — 43 а. о. (с 272 по 314).

Идентификатор Pfam Сокращенное название Полное название на русском языке Положение домена в последовательности
PF01509 TruB_N "тРНК-псевдоуридинсинтетаза" 33-180

В базе данных Pfam, к сожалению, нет PDB-файла белка TRUB_ECOLI, необходимого для демонстрации положения доменов в 3D- структуре белка TRUB_ECOLI.

Семейство доменов, к которому относится N-концевой домен TRUB_ECOLI (рассмотрены домены только из PfamA)

Таблица 1. Встречаемость домена TruB_N в различных таксонах.

Таксон Количество белков с доменом PF01509
Эукариоты Растения 8
Грибы 20
Животные 18
Бактерии 133
Археи 19

При рассмотрении изображений основных типов доменной архитектуры можно заметить следующее:

  • Всего известно 252 белка с доменом TruB_N.
  • Чаще встречается случай, когда домен TruB_N — единственный домен в белке, нежели, когда TruB_N встречается в белках в сочетании с другими доменами.
  • Не известно случаев дупликации домена TruB_N, а также случая перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов — TruB_N.

    На главную страницу второго семестра

    © Армаш Татьяна,2005