На главную страницу третьего семестра compare

Создание двух выборок — выборки белков и выборки их генов

ID белка Identity% (локальное выравнивание) Файл, в котором сохранен белок Файл, в котором сохранен ген
TRUB_ECOLI   p0.fasta g0.fasta
TRUB_SHIFL 99% p1.fasta g1.fasta
TRUB_SALTY 93% p2.fasta g2.fasta
TRUB_ERWCT 76% p3.fasta g3.fasta
TRUB_YERPS 72% p4.fasta g4.fasta
TRUB_PASMU 57% p5.fasta g5.fasta
TRUB_FRATT 40% p6.fasta g6.fasta

Наблюдение элементарных эволюционных событий в ближайших гомологах

Материалы и методы:

С помощью needle -aformat3 fasta я создала 2 файла в fasta-формате. В первом файле содержатся последовательность белка TRUB_ECOLI и его ближайшего гомолога, во втором — последовательность гена TRUB_ECOLI и последовательность гена ближайшего гомолога белка TRUB_ECOLI. Затем эти файлы были импортированы в Genedoc для удобства определения позиций.

Результаты:

  • Выравнивание белка TRUB_ECOLI и его гомолога TRUB_SHIFL

  • Выравнивание гена белка TRUB_ECOLI и гена гомолога TRUB_SHIFL

    Последовательности белка TRUB_ECOLI и его гомолога TRUB_SHIFL длиной в 314 аминокислотных остатков. Последовательности различаются в 213 положении: у TRUB_ECOLI в этом положении находится метионин (М), а у его гомолога — изолейцин (I). Последовательности генов белка TRUB_ECOLI и его гомолога TRUB_SHIFL различаются в 32 положениях, и лишь одно различие привело к аминокислотной замене. Все замены (32) произошли в третьих позициях кодонов. Данный факт можно объяснить тем, что TRUB_ECOLI и TRUB_SHIFL — белки-гомологи, а замена в третьей позиции кодона в большинстве случаев не приводит к аминокислотной замене вследствие вырожденности генетического кода. Замена метионина на изолейцин в 213 положении (или же, изолейцина на метионин) была вызвана нуклеотидной заменой в 639 положении гуанина (G) на тимин (T) (или же, тимина на гуанин).

    Аминокислота Кодон
    метионин ATG
    изолейцин ATT, ATC, ATA

    Соотношение синонимичных и несинонимичных замен нуклеотидов: 31:1. Синонимичных замен в 31 раз больше, что вызвано вырожденностью генетического кода (большинство аминокислот кодирует несколько кодонов, отличающихся нуклеотидами в третьих позициях).

    Разницу в нуклеотидных остатках гена TRUB_ECOLI и его гомолога TRUB_SHIFL, а так же "матрицу замен" нуклеотидов: какие замены наблюдаются и в каком количестве можно посмотреть здесь.

    Комментарий к "матрице замен" нуклеотидов:

    Наибольшее количество нуклеотидных замен следующего типа:
    А) a->g (g->a) - 12
    Б) t->c (c->t) - 14
    Можно заметить, что в основном происходит замена пуринового основания на пуриновое (к пуриновым основаниям относятся аденин и гуанин), замена пиримидинового основания на пиримидиновое (к пиримидиновым основаниям относятся тимин и цитозин). Такие замены, возможно, объясняются тем, что репарационной системе клетки труднее отличить основания, относящиеся к одному классу (к пиримидиновым основаниям или пуриновым), чем основания, относящиеся к разным классам.

    Исследование зависимости процента совпадений последовательностей белков от процента совпадений последовательностей их генов

    • Скрипт, определяющий процент попарного совпадения последовательностей белков моей выборки

  • Скрипт, определяющий процент попарного совпадения последовательностей их генов

    • Сравнение двух графиков: образца и графика, отображающего зависимость между процентом идентичности белков и соответствующих генов

    Полученный мною график схож с образцом. Точки лежат ниже прямой. Процент идентичности белков выше процента идентичности соответствующих генов. Данный факт объясняется вырожденностью генетического кода. Замена нуклеотидов в третьих позициях кодонов в большинстве случаев не приводит к заменам аминокислот.

    На главную страницу третьего семестра

    © Армаш Татьяна,2005