На главную страницу третьего семестра Предсказание генов во фрагменте генома бактерии Yersinia bercovieri

Аннотация участка бактериального генома

Результаты:
На основании поиска сходных последовательностей открытых рамок считывания участка (1 — 4000) неаннотированного фрагмента генома бактерии Yersinia bercovieri AALC01000085 было предсказано существование на данном участке 3 генов. Поиск производился среди последовательностей из SwissProt из бактерий таксона Enterobacteriales (к которому относится и Y. bercovieri). Гены были предсказаны на тех участках фрагмента, открытые рамки считывания которых имеют гомологов среди последовательностей из SwissProt из бактерий таксона Enterobacteriales.

Схема, показывающая положение предсказанных генов (открытых рамок, имеющих гомологов) на фрагменте:



  [41 - 727]   [790 - 1362]                                    [3912 - 1819] 
  ---------->   -------->                       <---------------------------------------------                                                               
______________________________________________________________________________________________________4000

Пояснение к схеме:
Фрагмент длиной 4000 нуклеотидных остатков. На нем предположительно находится 3 гена. Стрелочками ---> показано прямое направление гена на фрагменте, а стрелочкой <--- — обратное направление гена. Надписи над стрелочками указывают на расположение генов на фрагменте.

Материалы и методы:
Для работы использовался участок (1 — 4000) неаннотированного фрагмента генома бактерии Yersinia bercovieri AALC01000085. Он был получен следующими командами:
а) seqret:home/export/samba/public/tmp/yb.fasta AALC01000085 seq.fasta, где home/export/samba/public/tmp/yb.fasta — файл, в котором находятся последовательности, представляющие собой неаннотированные фрагменты генома бактерии Yersinia bercovieri, AALC01000085 — название последовательности в файле, seq.fasta — выходной файл.
б) seqret -sask (с помощью данной команды я вырезала из файла seq.fasta последовательность, начинающуюся с 1 и заканчивающуюся 4000 нуклеотидным остатком).
Программой getorf из данного фрагмента генома Y. bercovieri были извлечены трансляции всех открытых рамок считывания (open reading frames, ORFs). Использовались следующие параметры этой программы:
-minsize 240 (с помощью этого параметра извлекаются трансляции всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов);
-table 11 (используется стандартный для бактерий (bacterial) генетический код);
-find 1 (считываются последовательности, начинающиеся со старт-кодона и заканчивающиеся стоп-кодоном).
Затем программой formatdb были созданы индексные файлы BLAST для всех последовательностей из SwissProt из бактерий таксона Enterobacteriales (к которому относится и Y. bercovieri). Последовательности из базы данных SwissProt я достала с помощью следующей записи:
seqret sw-org:Enterobacteriales (эта запись помогает достать множество аминокислотных последовательностей из банка SwissProt, относящихся к таксону Enterobacteriales).

Сопроводительные материалы:

1) Информацию обо всех открытых рамках считывания фрагмента генома Yersinia bercovieri можно посмотреть здесь .

2) Скрипт, с помощью которого я получила данные о числе сходных последовательностей каждой из открытых рамок считывания приведен здесь.

На главную страницу третьего семестра