На главную страницу четвертого семестра ontologies_GO

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Общее знакомство со структурой GO (Gene Ontology)

Задание: выбрать одно из ключевых слов в документе UniProt, соответствующее белку TRUB_ECOI. На главном сайте консорциума GO провести поиск выбранного термина среди терминов GO.

Результаты задания:
1. Термин: tRNA processing (процессинг тРНК)
2. Идентификатор GO:0008033
3. Количество синонимов: нет
4. Определение термина: процесс, с помощью которого молекула пре-тРНК превращается в зрелую тРНК, готовую для присоединения аминоацильной группы.
5. Количество родителей: 2 (процессинг РНК и метаболизм тРНК, 2 связи is_a)
6. Количество дочерних терминов: нет дочерних терминов
7. Граф.
"Процессинг тРНК" связан с двумя родительскими терминами связью is_a, означающей, что процессинг тРНК является частным случаем процессинга РНК и метаболизма тРНК. В моем графе отсутствуют связи is_part_of. Отношение "A is part of B" означает, что А — часть В, но В необязательно содержит А.

Исследование качества аннотации функции цитоплазматических белков Arabidopsis thaliana

Таблица №1. Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 10.04.2006 г.

	Количество белков	Запрос
Всего	46161	"(([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	6111	"(((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) "
В том числе в цитоплазме	242	"(((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm*]) > parent )) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции	3	"((((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.] \| [uniprot-DBxref:IDA.]) ! (((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:IEA.])) > parent )) "
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции	236	"((((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) \| [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:TAS.]) \| [uniprot-DBxref:IDA.])) > parent )) "

Arabidopsis thaliana

При выполнении этого задания я руководствовалась общепринятой иерархией кодов доказательств, согласно которой самыми хорошими доказательствами функции являются коды IDA (получены в результате исследования) и TAS (согласно утверждению автора).
Коды доказательств и их подробную расшифровку можно посмотреть здесь .
Качество аннотации функции цитоплазматических белков Arabidopsis thaliana не очень хорошее. Аннотации большей части белков (236) содержат самые плохие доказательства функции и лишь з цитоплазматических белка Arabidopsis thaliana имеют хорошие доказательства функции (TAS и IDA).

Описание функции белка TRUB_ECOLI с помощью ресурсов EcoCyc

tRNA pseudouridine 55 synthase (тРНК псевдоуридинсинтетаза) — фермент, участвующий в процессинге (созревании) тРНК: катализирует превращение уридина в псевдоуридин.

Локализация — цитоплазма

Катализируемая реакция:

TRNA URIDINE <=> TRNA PSEUDOURIDINE

На главную страницу четвертого семестра