BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии. Работа с программой BLAST.

BLAST

Часть 1. Поиск белка METJ_ECOLI по фрагменту его аминокислотной последовательности

Мы вели поиск в банке данных Swiss-Prot. Первый фрагмент последовательности данного белка состоял из 30 аминокислотных остатков. Лучший из найденных хитов - это сам мой белок (номер хита - первый). Процент совпадающих остатков (Identity) - 30/30 (100%), вес выравнивания (Score (bits)) - 59.3 bits (142), E-value - 2e-09. Во втором случае я искала свой белок по 10 фрагменту из 10 аминокислотных остатков. опять одним из лучших найденных хитов оказался мой белок (что закономерно). Процент совпадающих остатков (Identity) - 10/10 (100%), вес выравнивания (Score (bits)) - 22.3 bits (46), E-value - 222.

Часть 2.Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

BLAST можно использовать как инструмент для поиска ортологов, так как они выполняют одинаковые (сходные) функции, у них похожий аминокислотный состав (одинаковые и похожие аминокислоты выполняют одинаковые функции). Поэтому ортологов можно ожидать в числе "первых хитов" - совпадений аминокислотных последовательностей у них будет больше, чем у всех остальных (с отличающимися функциями - функции разные,следовательно совпадение последовательностей более случайное, что, конечно, менее вероятно). Проводя поиск по последовательности репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis, я обнаружила два ортолога данного белка: RBSR_BACHD и RBSR_LACLA . Их вес 250 и 239 соответственно, дальше идет резкий скачок (падение) веса - у следующего хита (неортолога) значение Score равно 148.