Контакты с лигандом

Работа с программой RasMol

Исследованы контакты в местах взаимодействия белка с ДНК, построена таблица контактов.

Красным отмечены атомы аминокислотных остатков, контактирущие с ДНК. Синим и зеленым обозначены цепи дезоксирибонуклеиновой кислоты.

Зона контактов

цепь белка	1-ый контактирующий остаток	2-ой контактирующий остаток	контактирующие атомы	расстояние в ангстремах	тип связи
A A A A A A A B B B B B B B C C C C C C C D D D D D D D D	SER27 THR25 SER18 LYS17 ARG40 ASN53 SER54 GLY15 LYS17 SER54 ASN53 LYS23 THR25 ARG40 LYS44 LYS17 ARG40 ASN53 SER54 THR25 THR25 THR25 GLY15 LYS17 SER54 LYS23 ARG40 SER54 ASN53	A1 C4 A8 T9 G1 G1 G10 T0 A1 G2 G2 G2 A11 G2 A11 T9 G10 G10 G10 A3 C4 A11 T0 A1 G2 G2 G2 G2 G2	OG, O2P OG1, N4 OG, O2P NZ, O1P NH1, O1P N, O1P OG, O2P N, O1P NZ, O1P OG, O2P N, O1P NZ, O6 OG1, N7 NH1, O1P NZ, O5* NZ, O1P NH1, O1P N, O1P N, O2P N, O2P N4, OG1 OG1, N7 N, O1P NZ, O1P OG, O2P N7,NZ NH1, O1P N, O2P N, O1P	2,83 2,94 2,69 2,87 2,98 2,94 2,51 2,76 2,51 2,56 2,98 2,90 2,58 2,82 3,05 3,06 2,96 2,81 2,63 3,04 3,01 2,58 2,68 2,75 2,50 2,99 3,00 2,97 2,95	h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond h-bond

Главная страница