|
Анализ филогенетических деревьев
Часть 1
Приведено филогенетическое дерево глобинов (не всех). В качестве контрольной группы использованы миоглобины, они отмечены красным, видно, что в этом месте структура ветвления соответствует таксономии позвоночных. В данной работе мы разбирались с остальными узлами, соответствующими разным цепям гемоглобинов. Кружками разного цвета (желтым, синим, зеленым и красным) отмечены разные группы ортологов. В разноцветные рамки обведены возможные паралоги. И, наконец, в кружочки обведены те белки, о которых трудно сказать, чем они являются.
Chicken - цыпленок
Danio - полосатая аквариумная рыбка
Horse - лошадь
Human - человек
Xenopus - африканская лягушка
Филогенетическое дерево глобинов
Часть 2
Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки - ортологи). Было проверено соответствие этого дерева таксономическому дереву организмов. Разными цветами отмечены ветви, относящиеся к разным таксонам высшего уровня (superkingdom).
Красным - Archae
Зеленым - Bacteria.
Для определения таксона мы обращались к таксономическому серверу NCBI . Данное дерево лишь частично соответствует таксономическому дереву организмов, так как дерево лишь визуализирует эволюционное расстояние между последовательностями белков, а они могли эволюционировать в разных организмах по-разному (независимая эволюция).
Причиной этого могла послужить "горизонтальная эволюция" (трансдукция, трансверсия и т.д.). Поскольку каждый белок может эволюционировать в разных организмах по-разному, следовательно это дерево не полностью отображает таксономическое дерево этих организмов
Филогенетическое дерево глутаминсинтетаз
