Мотивы в аминокислотной последовательности

Поиск мотивов в последовательности с помощью средств PROSITE .

В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов.

С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 4 известных мотива в последовательности MetJ_ECOLI.

* - часто встречвшийся в белках мотив

Правила постороения паттерна:

[] - в квадратных скобках записаны полуконсервативные аминокислоты, например, запись [DE] обозначает, что на данной позиции стоит либо глутаминовая, либо аспарагиновая кислота

{} - в фигурных скобках записывают те маинокислотные остатки, которые не могут стоять на данной позиции. Например, {LI} означает, что на этом месте могут присутствовать любые аминокислоты, кроме лейцина и изолейцина.

х - обозначает то, что на данном месте может находиться любая аминокислота

()- в круглых скобках записывают число повторов,т.е. запись х(3) означает, что в этом паттерне 3 раза может встретиться любая аминокислота. Запись G(2) говорит о том, что глицин повторяется дважды, а [CA](4) - аланин или цистеин встречаются 4 раза подряд

Возьмем, например паттерн PS00006, который встречается в аминокислотной последовательности белка MetJ_ECOLI - [ST]-x(2)-[DE]. Соотвотствующий ему мотив в данном белке : 52 TNSE 55 , где числа 52 и 55 означают позиции аминокислотных остатков.

Пример аминокислотной последовательности, идеально удовлетворяющей условиям данного паттерна, но не такой, как в этой последовательности: MKKSLVDWEY .

Главная страница